در زمان روي کار آمدن دولت‌هايي چون دولت اصلاحات که بزرگان حوزه همواره درصف مقدم مقابله با برخي اقدامات و طرح‌هاي دولت و مجلس بودند، ديگرنمي‌توان چنين رشادت و آزادگي را از سوي حوزه‌ها انتظار داشت. شهيدمطهري:ايشان (امام خمينى) معتقدند كه روحانيت ‏بايد مستقل بماند همچنانكهدر گذشته بوده. حالا هم كه باز حكومت، حكومت اسلامى مى‏شود، با اين‌كهحكومت اسلامى است، ايشان معتقدند كه روحانيت‏ بايد مستقل و به صورت مردمى مانند هميشه باقى بماند و روحانيت آميخته با دولت نشود.

از سوى ديگر به گفته صاحبنظران، در لايحه قانون مجازات اسلامى، نه تنها از تعداد جرايمى كه براى آنها مجازات اعدام تعيين شده، كاسته نشده است بلكه تعداد آنها نيز افزايش يافته است. از جمله جرايم جديد كه بر اساس اين قانون براى آنها مجازات اعدام در نظر گرفته شده، مواردى چون رمالى، بدعت در دين و فالگيرى است كه ممنوع بوده ولى جرم محسوب نمى شد ولى در قانون جديد نه تنها جرم است بلكه براى آن مجازات اعدام در نظر گرفته شده است. يكى ديگر از موارد اضافه شده در اين لايحه، اعدام افراد «مرتد» بدون هيچگونه امكانى براى بازگشت آنها است. در قانون فعلى براى فرد مرتد فرصت بازگشت در نظر گرفته شده است.