ارامنه ایران اگر چه بر اساس قانون اساسی مجاز به انجام فرایض خویشند و حتی نماینده‌ای هم در مجلس شورای اسلامی دارند، اما این مسئله شامل همه پیروان آیین مسیحیت نیست، به ویژه وقتی که پای نوکیشان یا تازه‌مسیحی‌ها هم در میان باشد.
سامان کام‌ور، یکی از نوکیشان مسیحی، از سابقه این برخورد‌ها می‌گوید: این مسئله در واقع یک پروسه‌ای بود که نظام جمهوری اسلامی از همان ابتدا در دست اجرا داشت، به طوری که از همان ابتدا، دولتمردان جمهوری اسلامی در پی آن بودند که جامعه را به یک سمت تک‌قطبی یا تک‌دینی پیش ببرند.
بر همین اساس هم بر این باور بودند که یک دین حق است، و بقیه ادیان باطلند. بر همین اساس هم تلاش کردند کشور را به سمت تک‌دینی به پیش ببرند.
آیین بهایی البته حکایت دیگری دارد، آیینی که از دوران ظهورش تا به امروز، در ایران نصیبش تکفیر بوده و محبس و مرگ.
سپهر عاطفی، از پیروان آیین بهایی: از ۱۶۰ سال پیش پیروان آیین بهایی تحت فشار و سرکوب بودند. از قبل از انقلاب سال ۵۷ حتی، شاهد تاسیس گروه‌هایی مانند گروه حجتیه برای مبارزه با آیین بهایی بودیم و بعد از انقلاب اسلامی، طبیعتا با قدرت گرفتن روحانیت شیعه، این مبارزه و سرکوب، شکل تازه‌تر و جدی‌تری به خودش گرفت.
در همان روزهای انقلاب نیز کشتن و تخریب و آتش زدن خانه‌های بهائیان مرسوم شد. در بسیاری از روستاه‌ها بهائیان قتل عام شدند. در همان مردادماه سال ۱۳۵۹ اعضای محفل روحانی ملی بهایی، که جزء تشکیلات بهایی بودند، ربوده شدند و تا امروز هم از سرنوشت آنان هیچ اطلاعی در دست نیست.
هم اکنون هم هفت عضو تشکیلات بهائیان بازداشت شده و در زندان هستند، و به ۲۰ سال زندان محکوم شده‌اند.
جمهوری اسلامی ایرانیان اهل تسنن را هم در این میان نه تنها فراموش نکرده، بلکه آن گونه که عبدالستار دوشوکی می‌گوید، شیب برخورد با این اقلیت مذهبی را حتی تند‌تر هم کرده است.
عبدالستار دوشوکی: مشکل جمهوری اسلامی ایران با اهل سنت از همان ابتدای انقلاب اسلامی آغاز شد. جمهوری اسلامی شروع به ترور مخالفان خود در میان اهل سنت، در کردستان و جنوب ایران، خراسان و به خصوص در بلوچستان کرد.
رژیم حتی علمایی را که از ایران به پاکستان رفته بودند را هم ترور کرد. این وضع ادامه داشت تا زمان دولت اصلاحات و بر سر کار آمدن آقای خاتمی، که تا حدی اهل سنت به آزادی رسیدند. متاسفانه این ورق هم بعد از سر کار آمدن آقای احمدی‌نژاد کاملا برگشت.
اما آن چه کمتر انتظارش می‌رفت، درگیری جمهوری اسلامی با «اهل حق» یا پیروان طریقت، یا همان دراویش در ایران بود.
مصطفی آزمایش، از پیروان اهل حق از سابقه نخستین برخورد‌ها این گونه می‌گوید: دقیقا یک سال مانده به پایان ریاست جمهوری آقای خاتمی، کتابی به نام «سلوک در تاریکی» منتشر شد که این کتاب از سوی شخصی گمنام علیه اهل حق نوشته شده و در سطح بسیار وسیعی منتشر شد، با این هدف که اهل حق را یک جمعیت شیطان‌پرست و مخالف قرآن جلوه دهند.
سامان کام‌ور نیز از فشارهای اخیر حاکمیت بر نوکیشان مسیحی می‌گوید: در طی ماه‌های گذشته، جمهوری اسلامی فشار‌هایش را بر روی نوکیشان مسیحی افزایش داده است، به شکلی که در این مدت شاهد احضار و بازجویی یا زندانی شدن ۲۴۰ تن از نوکیشان مسیحی بودیم.
الان تعداد بسیاری از نوکیشان مسیحی در شهرهای مختلف ایران در زندان به سر می‌برند که اسامی بعضی از آن‌ها اعلام شده و خانواده تعدادی از آنان هم به خاطر مسائل امنیتی، در این مورد متاسفانه سکوت اختیار کرده‌اند.
سپهر عاطفی گوشه‌ای از رنج‌های بهائیان ایران را تصویر می‌کند: در طول این سه دهه، مسئولین رژیم از هیچ کوششی برای آزار و اذیت بهائیان ایران دریغ نکرده‌اند، از بازداشت و حبس‌های غیرقانونی تا تخریب خانه‌ها و محل کار‌ها و قبرستان‌ها گرفته تا فشار به روی دانشجویان و کودکان دانش‌آموز بهایی.
بعد از انقلاب حدود ۲۲۰ نفر از پیروان بهایی اعدام شدند. اموال بسیاری از بهائیان مصادره شد و از شهر و روستاههای خود اخراج و تبعید شدند. و بعد از انقلاب فرهنگی نیز محرومیت تحصیلی اساتید و دانشجویان بهایی آغاز شد و همه استادان بهایی از دانشگاه اخراج شدند.
پس از آن هم تا مدت‌ها بهائیان نمی‌توانستند وارد دانشگاه شده و در کنکور شرکت کنند. در چند سال اخیر گرچه می‌توانند در آزمون ورودی دانشگاه شرکت کنند، اما هر‌گاه که این افراد وارد دانشگاه شده و مشخص شده که بهایی هستند، بلافاصله از دانشگاه اخراج شده‌اند.
آن چه بر اهل سنت می‌رود را به روایت عبدالستار دوشوکی بشنوید: بعد از سر کار آمدن دولت آقای احمدی‌نژاد، با حمایت و تشویق نیروهای ضد سنی، در مناطق سنی‌نشین، باعث تقابل می‌شدند.
در این سال‌ها، بسیاری از علمای اهل سنت که برای شرکت در سمینار‌ها و نشست‌ها به کشورهای همسایه سفر می‌کردند، ممنوع‌الخروج شدند. این در حالی است که اهل تشیع در همین سمینار‌ها و نشست‌های مذهبی حضور می‌یافتند.
در طول دو سال اخیر نیز تعداد زیادی از علمای اهل سنت راهی زندان شدند، پاسپورت بسیاری از آنان توقیف شد به شکلی که حتی اجازه نداشتند در مراسم حج شرکت کنند.
گوشه‌ای از ناملایماتی که بر اهل حق می‌گذرد را مصطفی آزمایش بازمی‌گوید: نه فقط زیارتگاه‌های اهل حق، بلکه حتی قبرستان‌های اهل حق را ویران کردند و استخوان‌های اموات را هم از زیر زمین بیرون کشیدند، فشار‌ها به حدی بود که تعدادی از پیروان اهل حق، اعتقادشان را کتمان می‌کردند.
اما چرا نظام جمهوری اسلامی، نه فقط با مخالفان سیاسی‌اش، بلکه با هر دگراندیشی و از جمله اقلیت‌های مذهبی ایران که سال‌هاست در این سرزمین زیسته‌اند چنین می‌کند؟
مهدی خلجی، پژوهشگر و نویسنده آثاری در مسائل ایران و اسلام: آن چه ما می‌بینیم یک برخورد ایدئولوژیک است. در این نوع برخورد، اساسا آن چه تعیین‌کننده است، این است که هر اقلیتی تا چه اندازه می‌تواند برای اقتدار مطلق حاکم، تخریب‌گر باشد؟
برای مثال، آن قدر که آیین بهایی می‌تواند برای جمهوری اسلامی تهدید به شمار بیاید، مسیحیت یا یهودیت تهدید به شمار نمی‌آید.
حتی به آن میزان که اهل تسنن می‌توانند برای اقتدار جمهوری اسلامی مشکل‌ساز باشند، یهودیان یا مسیحیان مشکل‌ساز نیستند، به همین دلیل است که در تهران یهودیان دارای کنیسه هستند، مسیحیان دارای کلیسا هستند، اما اهل تسنن از داشتن یک مسجد در پایتخت جمهوری اسلامی محرومند.
ایدئولوژیک بودن ماهیت مواجهه نظام جمهوری اسلامی با هر دگراندیشی را، رسول نفیسی، جامعه‌شناس و تحلیل‌گر سیاسی، هم تایید می‌کند: جمهوری اسلامی فقط یک قرائت بسیار محدودی از مذهب شیعه را به ایدئولوژی حکومتی تبدیل کرده و در مقابل تمام تفکرات دیگر واکنش نشان می‌دهد. و سعی می‌کند با نفی تمام این تفکرات، این قرائت خاص را در جامعه جا بیندازد.
بنا به گفته مهدی خلجی، اوضاع می‌توانست از این هم بد‌تر باشد، اگر جمهوری اسلامی مو به مو بر اساس فقه شیعه با اقلیت‌های مذهبی در ایران برخورد می‌کرد: اگر قرار بود در جمهوری اسلامی بر اساس قواعد فقهی با اقلیت‌های مذهبی برخورد شود، وضعیت آنان از این که الان هست، بسیار بسیار بد‌تر می‌بود. برای مثال، در فقه اسلامی، حاکم می‌تواند از اهل کتاب مالیات خاص بگیرد، آن‌ها اهل ذمه محسوب می‌شوند و اهل ذمه به عنوان مثال در روزهای بارانی نمی‌توانند در خیابان تردد کنند. نمی‌شود با آنان معامله کرد، اساسا فقه شیعه، دیانت بهایی را به رسمیت نمی‌شناسد و خون‌شان، مال‌شان و جان‌شان را مباح می‌داند.
چه این فشار‌ها بخشی از ماهیت سیاسی نظام موجود باشد و چه بخشی از فرهنگ خود ایرانیان، واقعیت محض آن است که زیستن در ایران با گرایش و مذهب و تفکری مغایر با آن چه صاحبان قدرت می‌پسندند، خالی از هزینه‌های گزاف نیست و نبوده است.