دیدبان حقوق بشر، گزارشگران بدون مرز و کمپین بین‌المللی حقوق بشر در ایران در بیانیه‌ای با تأکید بر «نقض حقوق بشر» از سوی مصطفی پورمحمدی، از حسن روحانی خواستند تا معرفی او به عنوان وزیر پیشنهادی دادگستری را پس بگیرد.
در بیانیه‌ای که ۱۷ مردادماه در وب‌سایت این سازمان‌ها منتشر شد، آمده است: «گروه‌های حقوق بشری آقای پورمحمدی را در آزار و اذیت‌هایی نظیر اعدام هزاران ناراضی سیاسی در سال ۱۳۶۷ و ترور تعدادی از روشنفکران منتقد و شناخته شده، دخیل می‌دانند.»
این سازمان‌های حقوق بشری بر این اساس با تأکید بر این که آقای پورمحمدی در مقام وزیر دادگستری می‌تواند به ضرر تحقیقات مربوط به نقض حقوق بشر در ایران عمل کند، از حسن روحانی خواسته‌اند تا معرفی مصطفی پورمحمدی به عنوان وزیر پیشنهادی دادگستری را پس بگیرد.
حسن روحانی۱۳ مردادماه نام وزرای پیشنهادی دولت یازدهم را اعلام و مصطفی پورمحمدی را به عنوان وزیر پیشنهاد دادگستری به مجلس شورای اسلامی معرفی کرد.
هادی قائمی، مدیر کمپین بین‌المللی حقوق بشر در ایران، در این باره می‌گوید: «در جریان رقابت‌های انتخاباتی، آقای روحانی بارها وعده داد که از حقوق مردم ایران حفاظت خواهد کرد و موارد نقض حقوق بشر را مد نظر قرار خواهد داد. مقام‌های ایران به جای معرفی کردن مصطفی پورمحمدی به عنوان وزیر دادگستری، باید به تعهدات بین‌المللی خود پایبند باشند و در مورد نقش وی در نقض فاحش حقوق بشر تحقیق کنند.»
سازمان‌های مدافع حقوق بشر معتقدند که آقای پورمحمدی که از سال ۱۳۶۶ تا ۱۳۷۸ در وزارت اطلاعات فعالیت می‌کرد، در اعدام زندانیان سیاسی در سال ۱۳۶۷ و قتل‌های زنجیره‌ای نقش داشته است.
در همین زمینه دیدبان حقوق بشر سال ۱۳۸۴ در گزارشی با نام «وزرای قتل» از «نقش مستقیم» مصطفی پورمحمدی در «اعدام فرا‌ـ‌قضایی» هزاران زندانی سیاسی سخن به میان آورد.
به گفته دیدبان حقوق بشر، تابستان ۱۳۶۷ آقای پورمحمدی عضو هیئتی بود که زندانیان سیاسی را «در عرض چند دقیقه» مورد بازجویی قرار داده و به اعدام محکوم می‌کردند. این سازمان تأکید دارد که «اعدام سیستماتیک» سال ۱۳۶۷ می‌تواند جنایت علیه بشریت قلمداد شود.
لوسی موریلون، مدیر دپارتمان تحقیقات سازمان گزارشگران بدون مرز، در این زمینه می‌گوید: «پیشنهاد آقای پورمحمدی نه تنها ضربه‌ای است به تمامی کسانی که با مصونیت از مجازات به مقابله برخواسته‌اند، بلکه به منزله تحقیر دوباره خانواده‌های روزنامه‌نگاران و منتقدانی است که در دوران فعالیت آقای پورمحمدی در وزارت اطلاعات کشته یا شکنجه شدند.»
مصطفی پورمحمدی در سال‌های ۱۳۵۸ تا ۱۳۶۵ دادستان انقلاب استان‌های خوزستان، هرمزگران و خراسان بود.
پس از آن در سال ۱۳۶۶ معاون وزیر اطلاعات شد و سه سال بعد به عنوان جانشین وزیر اطلاعات برگزیده شد. وی سال ۱۳۷۰ ریاست اطلاعات خارجی این وزارتخانه را بر عهده گرفت و تا سال ۱۳۷۸ در این وزارتخانه ماند.
وزارت کشور در دولت نهم و ریاست سازمان بازرسی کل کشور نیز از دیگر سمت‌هایی است که آقای پورمحمدی بر عهده داشته است.