مولوی در مثنوی بیش از چهارصد بار واژه «عقل» را به کار برده است. عقل در کنار «عشق» در مثنوی کلید واژه است. مولانا برخلاف نظر برخی عرفان‌ستیزان نه تنها مخالف عقل نیست بلکه مدافع آن است منتها برای عقل مراتب قائل است.
به طور کلی می‌توان گفت مولوی دو وجه برای عقل ذکر می‌کند:
1. عقل جزیی 2. عقل کلی (عقلِ عقل). عقل جزیی نیازمند تعلیم بیرونی است و با آموزش و آموختن همراه است و از کودکی همراه ماست. عقل جزیی است که مانع عشق می‌شود و مولوی می‌گوید «زین خرد جاهل همی باید شدن» ولی همین عقل در امور دنیوی مستشار خوبی است که باید با آن مشورت کرد.
عقل کلی در دیگر سو همان عقلی است که با تحقیق به معنای مذکور سروکار دارد و می‌تواند حقیقت را بشناسد. این عقل موهبتی الهی است که بخشش یزدان است و خدا به آدمی می‌دهد. مولوی بین این عقل، روح و قلب تمایز قاطعی ننهاده است و این‌ها به جای هم در مثنوی استعمال می‌شوند. در واقع قلب همان مرکز خود حقیقی است و همواره با خداست. مولوی معتقد است تنها شماری هستند که از این قلب روحانی بهره‌مندند. نفس که اماره است و سوق‌دهنده به ناراستی و بدی است و در مقابل روح وجان قرار می‌گیرد. تنها چیزی که می‌تواند این نفس را کنترل کند عقلِ عقل است که عقلِ اولیا است.
یکی از سوالاتی که معمولاً در مورد مثنوی طرح می‌شود این است که می‌گویند مولانا منکر علوم تجربی (Science) است. حال آن‌که مولانا می‌خواهد نشان دهد که این علوم ماهیتاً نسبتی با علم حقیقی دارند.
در نظر مولوی ماهیت این علوم چنان است که به دنبال هدایت آدمی به سعادت نیست. بدینسان وقتی دانشمندان زمانه‌اش، معرفت را به رشته خود محدود می‌کردند، او زبان به ذم آن‌ها می‌گشود و چنین ادعایی را باطل قلمداد می‌کرد. علم حقیقی علمی است که حقیقت را برای شخص آشکار می‌کند و او را به دوست می‌رساند – این است که از یک سو می‌گوید:
صد هزاران فضل داند از علوم
جان خود را می نداند آن ظلوم (دانشمند)
اما از سوی دیگر معتقد است که تمام دانش‌ها و علوم منشأ و ریشه الهی دارند.
این نجوم و طب وحی انبیاست
عقل و حس را سوی بی‌سوره کجاست
اصل علم و معرفت را خدا به آدمی می‌دهد و این عقل (جزیی) در بهترین حالت می‌تواند چیزی به کار و دستاورد بیفزاید و نه بیشتر.
به نظر مولانا عقلانیت کامل در اولیا محقق است. این است که می‌گوید: «عقل عقلند اولیا» در هر دوره‌ای اولیا وجود دارند و به وسیله آن‌هاست که می‌توان مسیر هدایت را پیش گرفت.
مثنوی کتاب ولایت است. ولایت به معنای عرفان آن به معنای اعتقاد به ادامه معنویت دین و این اعتقاد که بعد از پیامبر، خوان نعمتی را که پیامبر گشود ادامه پیدا کرده است. در نظر ابن عربی هم ولایت اصل و مبدأ عرفان و وجه باطنی اسلام است. آنچه مهم است ادامه ولایت بعد از پیامبر است در امامان یعنی اولیای دین. ولی زمان بیشترین قرب به حق را یافته است و اوست که عقل کل است.