يک مقام مسئول در وزارت علوم ايران، شروع فعاليت دانشگاه «ايرانيان» به رياست محمود احمدی‌نژاد، رییس جمهوری پیشین را «غير قانونی» دانسته است.
غلامعلی نادری، مديرکل دفتر آموزش‌های آزاد، غيرانتفاعی و غيردولتی وزارت علوم، روز دوشنبه ۱۵ مهر، به خبرگزاری فارس گفته که دانشگاه آقای احمدی‌نژاد به نام «ايرانيان»، علی‌رغم گرفتن موافقت اوليه، «هنوز موفق به اخذ موافقت اصولی از وزارت علوم نشده است و برای رسيدن به اين مسئله بايد مشکلات وارد شده به اسا‌سنامه و مصوبه احداث دانشگاه را برطرف کند.»
آقای نادری گفته که يکی از مهم‌ترين ايرادات وارد شده به اين موسسه اين است که «هنوز اسامی هيات موسس دانشگاه به صورت رسمی به وزارت علوم ارسال نشده» و همچنين افزوده که «فضايی هم برای راه‌اندازی اين موسسه به وزارت علوم ابلاغ نشده تا مسئولان برای بازديد از فضای مذکور حاضر شوند.»
سخنان اين مقام مسئول در وزارت علوم، چند روز پس از آن بيان می‌شود که حميد بقايی، معاون پشتيبانی دانشگاه ايرانيان، در نامه‌ای خطاب به حسن روحانی، رییس جمهوری اسلامی، از او کمکی معادل «حداقل» ۵۰ ميليارد تومان طلب کرد.
آقای بقايی که معاون اجرايی محمود احمدی‌نژاد در دوران رياست جمهوری او بوده، در اين نامه، از ریيس دولت يازدهم خواسته تا «پول، زمين و هر نوع کمک ديگر» که می‌تواند، به دانشگاه ايرانيان ارائه کند.
معاون پشتيبانی دانشگاه ايرانيان، علاوه بر کمک ۵۰ ميلياردی، همچنين چندين ساختمان در تهران و مراکز استان، زمينی حدودا ۲۰۰ هکتاری در اطراف تهران، و همکاری مسئولان در دولت آقای روحانی را خواستار شده است.
اين نامه مدتی پس از آن منتشر شد که ماجرای واريز ۱۶ ميليارد تومان از حساب رياست جمهوری در روز آخر دولت آقای احمدی‌نژاد به حساب دانشگاه ايرانيان که به طور مشترک به محمود احمدی‌نژاد و حميد بقايی اختصاص داشت، در محافل خبری و سياسی جنجال‌برانگيز شد.
چند روز پس از پايان کار دولت آقای احمدی‌نژاد اسنادی در رسانه‌ها منتشر شد که نشان می‌داد حدود ۱۶ ميليارد تومان در روز پايانی دولت پيشين به دستور خود او، برای راه‌اندازی دانشگاه از نهاد رياست جمهوری جابه‌جا و به حساب «شخصی» و «مشترک» به نام خود آقای احمدی‌نژاد و حميد بقايی، معاون اجرايی او، واريز شده است.
نزديکان آقای احمدی‌نژاد ابتدا اين موضوع را تکذيب کردند، اما پس از مدتی با تاييد آن گفتند که اين مبلغ تنها نقش «کمک» را داشته و چند روز بعد هم بدون ذکر رقم ۱۶ ميليارد تومان، اعلام کردند که دانشگاه ايرانيان کمک دريافتی از دولت را به نهاد رياست جمهوری بازگردانده است.
اين در حالی است که ديوان محاسبات کشور می‌گويد اين حساب بانکی در آن هنگام «توقيف» شده بود و مالکانش «امکان دسترسی به اين حساب را نداشته‌اند» تا مبلغ مذکور را به رياست جمهوری ايران بازگردانند.
سخنگوی کميسيون اصل ۹۰ مجلس شورای اسلامی، دوشنبه اول مهر، از ارجاع پرونده دانشگاه ايرانيان به دادستان عمومی و انقلاب تهران توسط دادستان ديوان محاسبات خبر داد.
غلامعی نادری، مدير کل دفتر آموزش‌های آزاد، غيرانتفاعی و غيردولتی وزارت علوم گفته که آغاز فعاليت دانشگاه احمدی‌نژاد با عنوان دانشگاه «ايرانيان» منع قانونی دارد. چرا که به گفته او، موسسه‌ای با اين عنوان مجوز خود را در سال ۸۱ دريافت کرده و در حال حاضر به صورت مجازی مشغول به فعاليت است. بنابراين مسئولان دانشگاه ايرانيان در زمان ثبت‌نام اين دانشگاه در اداره ثبت به مشکل برخواهند خورد و به دليل سابقه فعاليت مؤسسه ايرانيان فعال، حق با اين موسسه خواهد بود.