محمود احمدی‌نژاد نقش منتسب به او در ماجرای ممنوع‌الخروجی محمد خاتمی، رییس جمهوری پیشین ایران را رد کرد و گفت که از شنیدن چنین مسئله‌ای تعجب می‌کند.
در گفت‌وگویی با خبرگزاری تسنیم که روز سه‌شنبه، ۳۰ مهر منتشر شد، آقای احمدی‌نژاد دراین‌باره اظهار داشت: «ممنوع‌الخروجی؟ احمدی‌نژاد؟ این موضوع قضایی است. چه ربطی به ما دارد؟»
به گفته وی، ممنوع‌الخروجی آقای خاتمی در حوزه اختیارات رییس جمهوری نبوده و حتی اگر او اختیار آن را هم داشت، چنین نمی‌کرد.
ماجرای ممنوع‌الخروجی محمد خاتمی به دوره دوم ریاست جمهوری محمود احمدی‌نژاد و پس از اعتراضات سال ۱۳۸۸ بازمی‌گردد، اعتراضاتی که محافظه‌کاران نزدیک به حکومت ایران از آن به عنوان «فتنه» یاد می‌کنند و نقش آقای خاتمی در این اعتراض‌ها را پر رنگ می‌دانند.
گرچه هفته پیش شایعاتی درباره رفع ممنوع‌الخروجی آقای خاتمی منتشر شد، اما هنوز هیچ مرجع رسمی این خبر را تایید نکرده است.
علی لاریجانی، رییس مجلس شورای اسلامی در سفر هفته پیش خود به چند کشور اروپایی گفت که ممنوع‌الخروجی محمد خاتمی یکی از «عادات بد» دولت محمود احمدی‌نژاد بوده است.
آقای لاریجانی به روزنامه فرانسوی «لوموند» گفت: «من فکر می‌کنم که دولت احمدی‌نژاد در برخی موارد عادات بدی داشت که این هم یکی از آنها بود و فکر می‌کنم که این مسئله به آسانی قابل حل است.»
اما محمود احمدی‌نژاد به این سخنان واکنش نشان می‌دهد و به علی لاریجانی توصیه می‌کند که «خوب است بعضی چیزها رعایت شود».
به گفته او، محمد خاتمی هشت سال در کشور رییس‌جمهور بوده و گرچه ممکن است در شیوه اداره کشور میان آنها «اختلاف‌نظرهایی» باشد، اما «به‌هرحال فردی رییس کشور بوده و این‌که رییس‌جمهور بعدی بیاید بگوید او ممنوع‌الخروج شده چه معنایی می‌تواند داشته باشد؟»
وی در نهایت می‌گوید: «ما هر چقدر هم اختلاف نظر و اختلاف سلیقه داشته باشیم، بالاخره اصول و خطوطی را رعایت می‌کنیم.»
اما یکی از مقاماتی که به‌تازگی درباره ممنوع‌الخروجی آقای خاتمی صحبت کرده، غلامحسین محسنی اژه‌ای، سخنگوی قوه قضاییه است که روز دوشنبه، ۲۲ مهر گزارش‌ها درباره رفع ممنوع‌الخروجی او را تکذیب کرد.
به گفته او، محمد خاتمی «در جریان فتنه ۸۸ ظلم کرده» و موضوع ممنوع‌الخروجی او مانند سابق است.
با این حال آن‌چه اطرافیان آقای خاتمی می‌گویند حکایت از آن دارد که تاکنون هیچ حکم قضایی درباره ممنوع‌الخروجی او صادر نشده است.