علی مطهری، نماینده اصول‌گرای مجلس، با انتشار نامه‌ای سرگشاده در پاسخ به اظهارات جواد لاریجانی، معاون حقوق بشر قوه قضاییه، او را متهم کرد که در ارتباط با اعتراضات سال ۸۸ «خود را به ندانستن و غفلت» زده و دچار «زکام سیاسی» شده‌است.
در این نامه که متن آن روز یک‌شنبه ۲۲ دی از سوی خبرگزاری فارس و ایسنا منتشر شده است، علی مطهری هم‌چنین با بیان این‌که «ما خودمان آقای موسوی را به آن سمت هل دادیم» در باره نحوه برخورد حکومتی با مسئله اعتراضات ۸۸ گفت که «وضعیت فعلی عادلانه و قابل دوام نیست».
وی افزود که «خودتان هم احساس می‌کنید که مردم همه آنچه را که به طور یک‌طرفه در این چهار سال گفته‌اید نپذیرفته‌اند.»
محمدجواد لاریجانی در برنامه اخیر «شناسنامه» که روز جمعه بیستم دی از شبکه سوم تلویزیون ایران پخش شد با رد نظرات علی مطهری درباره ادامه داشتن مسئله اعتراضات ۸۸ که در ادبیات جمهوری اسلامی از آن به عنوان «فتنه» یاد می‌شود گفت که «فتنه ختم شد و در ۹ دی مُهر پایان هم به آن زده شد.»
جواد لاریجانی افزود که علی مطهری، «فتنه را در حد یک دعوای داخلی می‌داند که این درست نیست. ماهیت فتنه یک کودتای تمام‌عیار علیه نظام بود.»
علی مطهری در نامه سرگشاده خود در واکنش به این اظهارات، خطاب به محمدجواد لاریجانی افزوده‌است که «تکلیف فتنه مانند تکلیف بخشی از زمین‌های کشاورزی و دامداری شما برای مردم مشخص نیست و هنوز حکم آن اعلام نشده‌است.»
اشاره آقای مطهری به اتهام «زمین‌خواری» جواد لاریجانی در حومه ورامین است که رییس کل دادگستری استان تهران روز هشتم مرداد ۹۱ از تشکیل پرونده برای آن خبر داد.
محمدجواد لاریجانی که برادر رییس قوه قضاییه و رییس مجلس شورای اسلامی است از مدت‌ها پیش به «تصرف عدوانی بیش از ۳۴۲ هکتار اراضی ملی در حاشیه ورامین، و نگهداری بیش از ۹۰۰ راس گوسفند و ۲۰۰ نفر شتر به صورت غیرقانونی در این اراضی» متهم شده‌است.
«اعتراض مدنی را ما خود تبدیل به فتنه کردیم»
علی مطهری در آغاز نامه خود خطاب به محمدجواد لاریجانی نوشته‌است که «اعتراض مدنی به نتیجه انتخابات در سال ۸۸ را ما با مدیریت ضعیف خود و به دلیل به رسمیت نشناختن مقوله اعتراض مدنی، تبدیل به فتنه کردیم، آنگاه برای جمع کردن این ماجرا آن را به صورت یک کودتای تمام‌عیار علیه نظام جلوه دادیم و سپس از هر وسیله‌ای برای اثبات این ادعای خود استفاده کردیم.»
وی در این نامه می‌افزاید: «از شما سوال می‌کنم؛ اگر از چند ماه قبل از انتخابات سال ۸۸ بسیاری از اعضای شورای نگهبان که داور محسوب می‌شدند از یک کاندیدا حمایت نمی‌کردند، اگر بعد از مناظره کذایی عکس‌العمل مناسب از طرف مراجع قانونی مانند شورای نگهبان نشان داده می‌شد یا لااقل اجازه دفاع به هتک حرمت‌شدگان در صدا و سیما داده می‌شد، اگر بعد از شروع اعتراضات، به جای برگزاری جشن ملی برای کاندیدای پیروز، مسئله به اعلام نظر شورای نگهبان موکول می‌شد، اگر خبرگزاری وابسته به یک نهاد حکومتی ساعت ۱۸ و ۳۰ دقیقه روز انتخابات آقای احمدی‌نژاد را به عنوان پیروز انتخابات با ۶۰ درصد آراء اعلام نمی‌کرد و چندین اگر دیگر، آیا در این صورت آن جرم بزرگ اتفاق می‌افتاد؟ پس ما خودمان آقای موسوی را به آن سمت هل دادیم.»
علی مطهری در این نامه افزوده‌است: «جناب آقای محمد جواد لاریجانی، به نظر می‌رسد که جناب عالی در قضاوت درباره فتنه ۸۸ تجاهل و تغافل می‌فرمایید. این بدیهیات را می‌دانید و خود را به ندانستن و غفلت می‌زنید و نام آن را «بصیرت» می‌گذارید. یا به قول خودتان هوا سرد است و دچار زکام سیاسی شده‌اید.»
در بخشی دیگر از این نامه آمده‌است: «گفته‌اید “آقای مطهری گفت چرا رییس قوه قضائیه فتنه را ختم نمی‌کند. این در حالی است که فتنه ختم شد و در ۹ دی مُهر پایان هم به آن زده شد.» می‌پرسم اگر فتنه ختم شده‌است چرا در ایام ۹ دی امسال همفکران شما در رسانه ملی و رسانه‌های همسو این همه جنجال و آسمان ریسمان کردند که حق با ما بود؟ معلوم است خودتان هم احساس می‌کنید که مردم همه آنچه را که به طور یک‌طرفه در این چهار سال گفته‌اید نپذیرفته‌اند. اگر فتنه ختم شده‌است چرا این‌قدر درباره آن سخن می‌گویید؟!»
آقای مطهری افزوده‌است: «سوال می‌کنم اگر فتنه ختم شده‌است حکم مجازات آقایان موسوی و کروبی و احمدی‌نژاد چیست و در کدام دادگاه صالح صادر شده است؟ بنابراین تکلیف فتنه مانند تکلیف بخشی از زمین‌های کشاورزی و دامداری شما برای مردم مشخص نیست و هنوز حکم آن اعلام نشده‌است.»
در بخش دیگر این نامه آمده‌است: «اصل حرف من در نطق اخیر این بود که اگر قرار بر گذشت طرفی از تخلفات و خطاهای یکدیگر نیست، این سه نفر به طور همزمان در یک دادگاه صالح محاکمه علنی شوند، آنگاه هر حکمی صادر شود مورد اعتراض نخواهد بود چون آنها از خود دفاع کرده و حرف خود را زده‌اند ولی وضعیت فعلی عادلانه و قابل دوام نیست و باید به فکر حل مسئله و بازگشت وحدت به جامعه بود.»
اشارات آقای مطهری به زندانیان سیاسی سال ۸۸ مربوط به حصر خانگی ميرحسين موسوی و مهدی کروبی، دو نامزد معترض به نتايج انتخابات سال ۸۸، همراه با زهرا رهنورد، همسر آقای موسوی، است که نزديک به سه سال است در خانه خود يا در ساختمان‌های متعلق به وزارت اطلاعات زندانی شده‌اند.
علی مطهری در هفته‌های اخیر بارها مواضع خود در مورد شیوه برخورد حکومتی با مسئله اعتراضات ۸۸ را تکرار کرده‌است که این امر باعث اعلام جرم دادستان عمومی و انقلاب تهران علیه او شده‌است.
علی لاریجانی، رییس مجلس شورای اسلامی، به تازگی با اشاره به انتقادات علی مطهری به نحوه برخورد قوه قضائیه با موضوع اعتراضات ۸۸، انتقادهای این نماینده مجلس را «قدری تحقیرآمیز» نامید، اما گفت که اعلام جرم برای «این حد اظهارنظر از سوی نمایندگان» مجلس موجه نیست.