یکی از سوژه های ثابت روزنامه‌های ایران در سال‌های دولت خاتمی کشمکش ها بر سر سازمان‌های موازی اطلاعات بود.
«اصلاح طلبان» مخالف تشکیل سازمان‌های موازی اطلاعات تلاش می کردند تا همچنان وزارت اطلاعات را تنها مرجع کار اطلاعاتی در ایران نگاه دارند و از آن سو منتقدان و مخالفان اصلاح‌طلبان که آن روزها «محافظه کاران» یا «جناح راست» نامیده می‌شدند عزم خود را جزم کرده بودند تا با بال و پر دادن به سازمان‌های موازی، مهار فضای اطلاعاتی ایران در اختیار بگیرند.
در نهایت برندگان آن کشمکش، محافظه‌کاران بودند، تشکیل سازمان‌های موازی اطلاعات و توسعه و ارتقای آنها در همان سالها، سبب شد تا پروژه برخورد با فعالان سیاسی اصلاح طلب توسط این سازمان‌ها کلید بخورد. پروژه برخورد با فعالان سیاسی طیف ملی مذهبی، شنود مکالمات وزاری کابینه خاتمی از جمله پروژه های اطلاعاتی بود که گفته می شد توسط همین سازمان‌های موازی اطلاعات اجرایی شدند.
اما حال پس از سالها از آن رفت و آمدها و موافقت‌ها و مخالفت‌ها،آن دستگاههای موازی اطلاعاتی رسما فعالیت‌های خود را ادامه می دهند و حتی در بودجه‌های سالانه دولتی ردیف بودجه دارند.
به طور مثال در لایحه بودجه سال ۹۳ که این روزها کار بررسی و تصویب آن در مجلس شورای اسلامی در حال انجام است، دستگاههای اطلاعاتی و امنیتی در مجموع نزدیک به ۲ هزار میلیارد تومان بودجه دارند، البته به دلیل خاص بودن فعالیت‌های اطلاعاتی و امنیتی در جمهوری اسلامی ایران نمی توان تایید کرد که این رقم نزدیک به دو هزار میلیارد تومانی (یک هزار و ۸۶۰ میلیارد و ۶۷۷ میلیون و ۵۰۰ هزار تومان)، تمام بودجه مربوط به دستگاههای اطلاعاتی و امنیتی باشد.
وزارت اطلاعات به عنوان اصلی ترین متولی فعالیت‌های اطلاعاتی و امنیتی، سهم بزرگتری از این بودجه را به خود اختصاص داده و بر اساس اعداد و ارقام مندرج در لایحه بودجه سال آینده، بودجه در نظر گرفته شده برای وزارت اطلاعات در سال آینده، بالغ بر یک هزار و ۸۱۴ میلیارد تومان است.
سازمان حفاظت اطلاعات نیروی انتظامی جمهوری اسلامی ایران، در بودجه سال آینده، سهمی بیش از ۱۹میلیارد تومان (۱۹ میلیارد و ۲۶۰ میلیون تومان) را به خود اختصاص داده و سهم سازمان حفاظت اطلاعت سپاه پاسداران انقلاب اسلامی از بودجه سال ۹۳، بیش از ۷ میلیارد تومان (۷ میلیارد و ۲۸۳ میلیون تومان) است.
دیگر دستگاههای اطلاعاتی و امنیتی نیز از بودجه سال آینده سهمی دارند، به طور مثال، برای سازمان حفاظت اطلاعات وزارت دفاع جمهوری اسلامی ایران حدود ۱۲ میلیارد تومان (۱۱ میلیارد و ۹۴۵ میلیون تومان) بودجه در نظر گرفته شده است.
در لایحه بودجه سال ۹۳، برای سازمان مرکزی حفاظت اطلاعات ارتش جمهوری اسلامی ایران رقمی بیش از ۷ میلیارد تومان (۷ میلیارد و ۳۶۴ میلیون تومان) در نظر گرفته شده و سهم اداره حفاظت اطلاعات ستاد فرماندهی کل نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران در سال آینده، ۳۳۰ میلیون تومان خواهد بود.
اگرچه این اعداد و ارقام، فقط شامل ردیف های قابل ردگیری منابع مالی این سازمان‌ها و ادارات در لایحه بودجه سالانه است، اما اختصاص ردیف بودجه در لایحه و جداول بودجه های سالانه برای سازمان‌های موازی اطلاعات، نشان‌دهنده استیلای این سازمان‌های موازی اطلاعات بر نظام اداری و قبولاندن خود به کل دستگاه اداری است تا کشمکش های سال‌های دولت محمد خاتمی بر سر بودن یا نبودن آنها دیگر موضوعیت نداشته باشد.