در حالی که یک عضو کمیسیون قضایی مجلس، برکناری اسماعیلی از ریاست سازمان زندان ها را با سوء مدیریت وی در حدثه اخیر در بند ۳۵۰ اوین مرتبط می داند، سخنگوی قوه قضاییه این موضوع را تکذیب می کند.
محسنی اژه ای مدعی شده که مسئلان قضایی از مدت‌ها پیش به جابه‌جایی اسماعیلی اندیشیده بودند و برکناری وی در این مقطع زمانی را اتفاقی و بی ارتباط با فشار افکار عمومی درباره حادثه حمله به بند ۳۵۰ اوین دانسته است.
اما ابوالفضل ابوترابی، عضو کمیسیون قضایی مجلس به سایت پیام نو گفته است که کنار گذاشتن اسماعیلی از ریاست سازمان زندان ها با حوادث اخیر بند ۳۵۰ اوین مرتبط است و مسئولان بعد از مشخص شدن جزئیات ماجرای بند ۳۵۰ نسبت به مدیریت سازمان زندان ها نگاه منفی پیدا کردند.
به نوشته پیام، غلامحسین اسماعیلی که شب قبل از کنار رفتن با لبان خندان به تلویزیون آمد و از اتفاقات روز پنجشنبه هفته گذشته در بند۳۵۰ زندان اوین به مردم گزارش داد، امروز از ریاست سازمان زندان ها کنار رفت و جای خودش را به علی اصغر جهانگیر داد که پیشتر ریاست حفاظت اطلاعات قوه قضائیه و ریاست دفتر بازرسی ویژه این قوه را برعهده داشت.
عضو کمیسیون حقوقی و قضایی مجلس اما درباره کنار رفتن اسماعیلی می گوید: «از حدود دو سال پیش اقای آوایی، رئیس کل دادگستری تهران قصد خروج از خدمت داشت و این جابجایی و آمدن آقای اسماعیلی به جای ایشان پیشتر هم مطرح شده بود. مساله اما این است که این جابجایی درست در اوج اخبار مربوط به جریانات بند ۳۵۰ اتفاق افتاده است و این خودش می تواند نشان دهد که این جابجایی در این شرایط می تواند مرتبط با اتفاقات و حواشی بند ۳۵۰ باشد».
وی با بیان اینکه «بعد از مشخص شدن کشف اقلام ممنوعه از زندان اوین نظر خیلی ها نسبت به مدیریت سازمان زندان ها منفی شده بود»، می گوید: «به هر حال جای تاسف دارد که بیایند و بگویند از یک بند حساس و مهم مثل ۳۵۰ اوین تعداد قابل توجهی فلش مموری و تلفن همراه و تبلت و اقلام غیر مجاز دیگر کشف شده است. این جای سوال جدی را درباره مدیریت سازمان زندان ها ایجاد کرده بود».