آیت‌الله حسین وحید خراسانی از مراجع تقلید قم به تازگی در ابتدای درس خارج خود گفته است «کار به جایی رسیده که بعضی ها یک جفتک می اندازند آیت الله می شوند، یک جفتک دیگر می اندازند آیت الله العظمی می شوند، حالا هم جفتک انداخته می خواهند مرجع تقلید اعلم شوند». (جرس، ۱۴ اردیبهشت ۱۳۹۳)
یک روز پس از آن هم آیت‌الله عبدالکریم موسوی اردبیلی، دیگر مرجع تقلید قم گفت «اگر بخواهیم مسائل مربوط به امور دینی مردم جای اصلی خودش را پیدا کند باید این مسائل به مردم سپرده شود و دولت و دستگاه های حکومتی دخالت خود را از تبلیغات دینی و مساجد و دیگر مراکز دینی بردارند.» (سایت کلمه، ۱۵ اردیبهشت ۱۳۹۳)
به نظر می‌آید به کار بردن عناوین فقهی و دخالت حکومت در امور حوزوی، موجب اختلاف نظرهایی در حوزه شده است. سایت شیعه آنلاین از منابع خبری نزدیک به حوزه های علمیه پیشتر از برخی مراجع درباره عناوین فقهی پرس‌وجو کرده است که عمده آنها از نبودن معیاری خاص برای به کارگیری این عناوین سخن گفته اند. آیت الله حسین مظاهری هم در این باره اظهار نظر کرده است که «فعلا همه چیز با یکدیگر خلط شده است. دادن معیار به شما فایده‌ای ندارد بلکه ضرر دارد لذا به این گونه چیزها فکر نکنید و تفحص هم نکنید.»
رهبر سیاسی، رهبر فقهی
آیت‌الله خمینی، بنیانگذار جمهوری اسلامی، هم رهبر سیاسی بود و هم مرجع. بعد از عزل و استعفای آیت الله منتظری، بنیانگذار جمهوری اسلامی با حذف مرجعیت از شروط رهبری نظام موافق بود و آن را ضروری مقام رهبری ندانست که در بازنگری قانون اساسی، این مورد تغییر کرد.
عناوین فقهی مانند دوره‌های دانشگاهی نظام‌یافته نیست و در واقع فاقد معیار عینی است و اجماعی وجود ندارد که پس از هر دوره تحصیلی در حوزه علمیه، طلبه از نظر سلسله مراتب آموزش حوزوی در چه مرتبه‌ای قرار دارد و با چه عنوانی باید مورد خطاب قرار گیرد. این موضوع در ۳۵ سال اخیر به خصوص بعد از درگذشت موسس جمهوری اسلامی ایران، به دلیل اهمیت جایگاه حوزوی در نظام سیاسی ایران همواره یکی از مسائل چالش‌برانگیز بوده است.
مثلا آیت‌الله خمینی در جریان کناره گیری آیت‌الله منتظری از قائم مقام رهبری، او را «حجت‌الاسلام والمسلین» خطاب کرد اما رسانه های ایران پیشتر در هنگام انتخاب او به قائم مقامی او را «آیت‌الله‌العظمی» خوانده بودند. یا نزدیکان اکبر هاشمی رفسنجانی او را آیت الله می خوانند در صورتی که منتقدان سیاسی اش او را حجت الاسلام خطاب می‌کنند.
نظام آموزشی حوزه علمیه
حوزه علمیه، محلی است که طلبه‌ها تحت آموزش تعالیم دینی و فقاهت شیعه قرار می‌گیرند و مراحلی برای عالم شدن در دین وجود دارد. هر طلبه‌ای برای اینکه به مرتبه برسد تا بتواند احکام بگوید و اجتهاد کند، باید دوره‌ها و دروسی را پشت سربگذارد.
بنابراین طلاب باید سه مرحله اصلی را برای تحصیل علوم حوزی طی کنند که عبارتند از: دروس مقدماتی؛ سطح؛ خارج؛ و دوره فرعی؛ دروس تخصصی و دروس جنبی.
سایت روایت حدیث، در مطلبی با عنوان «حجت‌الاسلام کیست و آیت‌الله به چه کسی می‌گویند؟» می‌نویسد این سه دوره «یک مسیر فقه محور است که دروس اصلی آن فقه و اصول فقه است و دیگر رشته‌ها مانند فلسفه و کلام و تفسیر در حاشیه قرار دارد. بسیاری از طلاب به صورت تخصصی به دیگر رشته‌ها گرایش می‌یابند. مانند دیگر نهادهای آموزشی همچون دانشگاه‌ها پس از طی هر مرحله به طلاب مدرک پایان دوره تعلق می‌گیرد. پس از دوره مقدماتی مدرک سطح یک و پس از پایان جلد نخست کفایه که به صورت مدون پس از سال نهم تحصیل طلبه است، مدرک سطح دو تعلق می‌گیرد. با ورود به درس خارج فقه و اصول طلبه با ارائه پایان‌نامه مدرک سطح سه و پس از طی درس خارج با ارائه پایان‌نامه مدرک سطح چهار دریافت می‌کند.»
بر این اساس در دوره مقدماتی، طلاب تحت تعلیم ادبیات عرب (صرف، نحو، معانی، بیان و…) می‌آموزند و با دروس پایه مثل منطق و فقه آشنا می‌شوند که به طور معمول از کتابهای جامع المقدمات، سیوطی، مغنی و تلخیصهای آن، المنطق و یا تلخیص المنطق و… استفاده می شود.
در دوره سطح، طلاب یک دوره کامل فقه و اصول می‌خوانند. هدف این دوره افزایش قدرت تجزیه و تحلیل متون فقهی و طریقه استنباط از آیات و احادیث و روایت است.
در علم اصول کتابهایی نظیر معالم الأُصول یا اصول الاستنباط، اصول الفقه، رسائل، کفایة الأصول، و در علم فقه، کتابهایی نظیر شرح لمعه و مکاسب تدریس می شود.
در درس خارج، طلاب آماده می‌شوند تا با به کارگیری اصول و علم فقه، در جهت اجتهاد گام بردارند. در این دوره باید بتوانند احکام بگویند و «از منابع اصیل (کتاب، سنت، عقل، اجماع)» حکم فقهی استنباط کنند. این دوره شبیه نوشتن پایان نامه در دوره دانشگاهی است. «مباحث براساس کفایة الاصول در اصول فقه و جواهر الکلام، تحریر الوسیله و عروة الوثقی در فقه طرح می شود.» (سایت تبیان)
گفته می‌شود این دوره دست کم ۶ سال طول می‌کشد اما بستگی به توانایی خود طلاب دارد.
در دوره تخصصی که اجباری نیست طلاب با رشته‌های دیگر آشنا می‌شوند و در آنها تبحر می‌یابند به عنوان مثال، در تفسیر، کلام، تبلیغ، اخلاق، اقتصاد، تاریخ، اندیشه‌ها و غیره.
عناوین فقهی
کسانی که وارد حوزه می‌شوند در هر مرحله‌ای پس از طی دورس لازم، عنوانی متناسب با آن دوره می‌گیرند. بنا به پرسش سایت «شیعه آنلاین» از برخی مراجع تقلید درباره عناوین علمی در حوزه، تقریبا همه متفق‌القولند که قانون و معیار خاصی وجود ندارد این عناوین عبارتند از: ثقه‌الاسلام، حجت‌الاسلام، حجت‌الاسلام والمسلین، آیت‌الله، و آیت‌الله العظمی.
ثقه‌الاسلام: در قدیم باب بود و امروزه در حوزه‌ها به کار نمی‌رود. «دوره مقدمات از آغاز طلبگی تا پایان کتاب شرح لمعه است که معمولا در شش سال به پایان می‌رسد. در این دوره طلاب با ادبیات عرب به طور مفصل و فقه و اصول به صورت نیمه استدلالی آشنا می‌شوند.» (سایت روایت حدیث) این کلمه به معنی مورد وثوق اسلام است.
امروزه به طلبه‌های تازه وارد و جوان گفته می‌شود اما در قدیم به کسی که درجه بالایی داشته اطلاق می‌شده است. درجه‌ای است که به صورت لقب به علمای حدیثی مذهب شیعه داده می‌شود و از درجات رسمی در مدارس حوزوی شیعه نیست. به راویان ثقه حدیث مانند شیخ طوسی و شیخ مفید و شیخ کلینی گفته می‌شود.
حجت‌الاسلام: در لغت به معنای دلیل اسلام است. در این عنوان اجماعی بین علما نیست. برخی می‌گویند کسی که دوره مقدمات را گذرانده باشد، و در دوره سطح است، حجت‌الاسلام نام دارد. «در این دوره طلاب سه کتاب فرائدالاصول معروف به رسائل و کفایة الاصول را که در علم اصول نگاشته شده است به همراه کتاب مکاسب» می‌خوانند. «این کتب شامل فقه و اصول استدلالی است که به صورت متن محور تدریس می‌شود. معمولا چهارسال به طول می‌انجامد.» (سایت روایت حدیث)
«به‌گفته سید حسین نصر، سید محمدباقر شفتی احتمالاً اولین کسی است که عنوان حجت الاسلام را دریافت کرده» اما در طول زمان، این عنوان تغییر کاربرد پیدا کرده است. در قدیم که هنوز آیت‌الله باب نشده بود، از این عنوان برای روحانی در مرتبه بالا استفاده می‌شد.
حجت‌الاسلام والمسلین: این عنوان بعد از عنوان حجت‌الاسلام است. برخی می‌گویند کسی در دوره خارج فقه و اصول پیشرفته باشد می‌تواند این عنوان به او اطلاق شود. اما هنوز معیار مشخصی وجود ندارد.
«دوره خارج ادامه دوره سطح است و در آن فقه و اصول به صورت مفصل و استدلالی بحث می‌شود با این تفاوت که متن محور نیست و استاد کتاب خاصی را محور درس قرار نمی‌دهد و بحث آزاد است. البته سیر درس و فهرست آن معمولاَ منطبق با یکی از کتب معروف است. برای نمونه بحث اصول، غالبا مطابق با سیر کتاب کفایه است، که در سالیان اخیر عده‌ای از بزرگان در صدد تکمیل این سیر بودند مانند آیت الله شیخ محمدحسین اصفهانی که الاصول علی نهجه الحدیث را با ترتیب و تبویب نو نگاشت و پس از وی به آیت الله سید محمدباقر صدر نیز می‌توان اشاره کرد. سیر خارج فقه نیز غالبا بر اساس کتاب عروة الوثقی یا شرایع است. آیت الله فاضل لنکرانی تحریرالوسیله آقای خمینی را محور سیر درس خارج فقه قرار داده بود.» (سایت روایت حدیث)
آیت‌الله: در لغت به معنای نشانه خداست و به طور قطع، در مرتبه‌ای بالاتر از حجت‌الاسلام والمسلمین است. کسی که مرتبه سطح و خارج را گذرانده باشد، بتواند اجتهاد کند و از منابع فقهی استنباط و حکم صادر کند، به این عنوان دست می‌یابد. گفته می‌شود این عنوان را اول بار علامه حلی فقیه قرن هفتم هجری گرفته است. بعدها محمدمهدی بحرالعلوم نیز از سوی برخی آیت‌الله خوانده شد و چند دهه بعد از لقب آیت‌الله برای اشاره به فقهای دیگری چون شیخ مرتضی انصاری و محمدحسن شیرازی نیز استفاده شد.
در زمانی که حوزه علمیه توسط شیخ عبدالکریم حائری تاسیس شد تعدادی از استادان این حوزه نیز به آیت‌الله معروف شدند. آیت‌لله که مجتهد است، اگر در برخی موارد فقهی اجتهاد کند به او مجتهد متجزی، یعنی مجتهد در جز می‌گویند و اگر در همه موارد اجتهاد کند او مجتهد مطلق است. برخی می‌گویند آیت‌لله ممکن است هنوز مرجع تقلید نباشد.
آیت‌الله العظمی: این بالاترین مقام در حوزه است و پس از آیت‌الله بروجردی باب شد. تا آن زمان مراجع تقلید را حجت‌الاسلام و حجت‌الاسلام‌والمسلمین می‌نامیدند و بر روی رساله‌های سید حسین طباطبایی بروجردی، که اولین رساله عملیه شمرده می شود، نیز از این لقب برای او استفاده شد.
وب سایت شیعه آنلاین به نقل از منابع خود در حوزه می گوید آیت‌لله العظمی هم در اجتهاد فقهی، مطلق است و هم مقلدان بیشماری دارد.
به مراجع تقلید آیت الله العظمی گفته می‌شود. مرجع تقلید مجتهد اعلم جامع الشرایط است. هر مجتهدی به مقام مرجعیت نمی‌رسد. برخی از این عنوان و مقام فرار می‌کنند مانند مرحوم سید محمد فشارکی و برخی به احترام استاد خود ردای مرجعیت بر تن نمی‌کنند، مانند شیخ محمدعلی کاظمی نویسنده فوائد الاصول که تقریر نویس درس میرزای نائینی است و برخی خود قائل به مرجعیت دیگری هستند. واژه‌هایی دیگر نیز برای تجلیل از مقام علمی روحانیون استفاده می‌شود مانند علامه که بیشتر ناظر به جامعیت و ذوالفنون بودن است مانند علامه شعرانی و علامه طباطبائی.