سلطان‌علیشاه همچنین به تحریف قرآن، لکن بر‌اساس دیدگاه دیگری غیر از معنای مصطلح در علوم قرآنی، قائل است بدین شرح که: قرآن کریم، با نزول از هر مرحله به مرحلهٔ پایین‌تر دچار نوعی تحریف می‌شود و در نگاه او اگر قرآن دچار تحریف از نوع اوّل نشده باشد، از این تحریف اخیر مصون نمانده است چنانکه می‌گوید: قرآنى که امروز در دست مردم است، اگر از نظر الفاظ و عبارات ناقص نبوده و کم نشده باشد، از جهت توجّه به وجوه مختلف و اشارات و بطن‌ها و مقامات کاستى یافته است.
چنین اعتقادی به تحریف، منحصر به سلطان‌علیشاه نیست. به عنوان مثال امام خمینی ـ رضوان الله تعالی علیه ـ نیز به آن قائل بوده است چنانکه در این باره گفته است: تمام آیات شریفه با تحریف بلکه تحریفات بسیار، به حسب منازل و مراحلی که از حضرت اسماء تا اخیرهٔ عوالم شهادت و ملک طی نموده، در دسترس بشر گذاشته شده و عدد مراتب تحریف، مطابق با عدد مراتب بطون قرآن است، طابق النّعل بالنّعل الاّ آنکه تحریف، تنزّل از غیب مطلق به شهادت مطلقه است به حسب مراتب عوالم و بطون… پس مبدأ تحریف و مبدأ بطون، متعاکس است و سالک الی الله به هر مرتبه از مراتب بطون که نائل شد، از یک مرتبهٔ تحریف تخلّص پیدا کند تا به بطون مطلق، که بطن سابع است به حسب مراتب کلّیه که رسید، از تحریف مطلقاً متخلّص شود. پس ممکن است قرآن شریف برای کسی محرَّف به جمیع انواع تحریف باشد و برای کسی به بعض مراتب و برای کسی محرّف نباشد و ممکن است برای یک نفر در حالی محرّف و در حالی غیر محرّف باشد و در حالی محرّف به بعض انواع تحریف باشد و چنانچه دانستی، فهم عظمت قرآن، خارج از طور ادراک است لکن اشارهٔ اجمالیه به عظمت همین کتاب متنزّل که در دسترس همهٔ بشر است، موجب فوائد کثیره است.
بنابراین، در قرآن لزوماً تحریف صورت گرفته است اما نه به معنای رایج آن، بلکه بر اساس این نظر، قرآن کریم به هر نسبت که از مرتبه‌ا‌ی عالی به مرتبهٔ دانی نزول می‌کند دچار نوعی تحریف می‌شود.
فصل سوم
مبانی انسان‌شناسی
مهمّ‌ترین مبانی انسان‌شناسی سلطان‌علیشاه گنابادی به شرح ذیل است:
۱. انسان، عالم صغیر و نمونهٔ عالم کبیر است.
نگاه سلطان‌علیشاه به انسان و شناخت وی از آن، در اصول و کلّیات و بلکه در بسیاری از جزئیات همان نگاه عارفان و صوفیان است. مطابق این نگاه، نسخهٔ مختصری از هر چیز که در عالم خارج وجود دارد در انسان نیز هست و به همین دلیل، از انسان به عنوان عالم صغیر (در برابر عالم کبیر یعنی جهان) تعبیر می‌شود. از این حقیقت در آثار بسیاری از عارفان و صوفیان سخن به میان آمده است. برای مثال عزیزالدّین نَسَفی در این باره چنین می‌گوید: بدان که تو را انسان صغیر و عالم صغیر می‌گویند و تمامی عالم را انسان کبیر و عالم کبیر می‌گویند. ای درویش! تو عالم صغیری و تمام عالم، عالم کبیر است. تو نسخه و نمودار عالم کبیری و هر چه در عالم صغیر هست در عالم کبیر هست و هر چه در عالم کبیر هست در عالم صغیر هست.
عبدالرّحمن جامی نیز با بیانی مشابه، انسان را نسخهٔ مختصر عالم معرفی کرده و چنین گفته است: جمیع آنچه در عالَم است مفصّلاً، مندرج است در نشأت انسان مجملاً. پس انسان، عالم صغیر مجمل است از روى صورت و عالم، انسان کبیر مفصّل. امّا از روى مرتبه، انسان عالم کبیر است و عالم، انسان صغیر زیرا که خلیفه را استعلاء است بر مستخلف علیه.
سلطان‌علیشاه نیز هم‌رأی با سایر عارفان در این باره می‌گوید: خداوند، عالم صغیر (انسان) را نسخهٔ مختصرى از عالم کبیر و حکایت‌کننده از آنچه در عالم کبیر است، قرار داد. همچنین می‌گوید: هر جا اسمى از زمین و آسمان به میان آید، ابتداء زمینِ عالم صغیر منظور است و آنچه در عالم صغیر شناخته نشود، در عالم کبیر شناخته نخواهد شد زیرا جهان صغیر، نسخهٔ مختصر شدهٔ عالم کبیر است که با مطالعهٔ آن، مطالعهٔ عالم کبیر امکان پذیر مى شود.
و در جایی دیگر چنین می‌گوید: هر یک از اجزای انسان، نمونه‌ای از عناصر و موجودات عالم کبیر است برای مثال نفس امّاره در عالم صغیر که همان انسان است به عالم سفلی، نفس لوّامه و بدن انسان به عالم عناصر و نفس مطمئنّه به سماوات تشبیه می‌شوند و قلب مانند خود انسان دانسته می‌شود که بین عالم سفلی و عالم علوی واقع شده است.
۲. وجود انسان دارای مراتب مختلف است
در نگاه سلطان‌علیشاه وجود انسان دارای مراتب مختلفی است و اگر او به راهنمایی راهنمایان الهی ـ که سلطان‌علیشاه تنها راه تحقّق این مهمّ را انجام بیعت با آن‌ها می‌داند ـ موفّق به تهذیب نفس و عبور از مراتب آن نشود، در عالم ماده و مرتبهٔ حیوانیت باقی خواهد ماند. او این مراتب متعدّد را چنین شرح می‌دهد: انسان داراى مراتب بسیارى است. پایینترین مرتبهٔ او مرتبهٔ کالبد جسمانى است و بعد از آن مرتبهٔ نفس اوست… و پس از آن مرتبهٔ قلب اوست که بین نفس و روح است. از آن پس هم مراتب دیگر اوست.
برای مثال او در تفسیر آیهٔ «و إن عاقبتم فعاقبوا بمثل ما عوقبتم به و لئن صبرتم لهو خیر للصّابرین» حکم قصاص را شأن کسی می‌داند که از مرتبهٔ نفس فرا‌تر نرفته است و در مقابل، مقام «و لیعفوا و لیصفحوا» را مقام کسی می‌داند که از این مرتبه (مرتبهٔ نفس) گذشته است. او دربارهٔ مراتب مذکور و اقتضای آن‌ها می‌گوید: انسان در هر کدام از مراتبش دارای قوایی است که برای بقای خود به اموری محتاج‌اند. برای مثال در مرتبهٔ نباتی و حیوانی انسان، نیازهایی نظیر خوردن، آشامیدن، مسکن، نکاح و… وجود دارد که سستی ورزیدن در هر کدام از این موارد، ضایع نمودن حقّ صاحب حقّ است. آیاتی که در آن‌ها امر به خوردن شده است مصداقی برای لزوم رفع نیازهای مراتب مختلف هستند. از سوی دیگر باید به آیاتی که در آن‌ها خداوند انسان را از اسراف کردن منع نموده توجّه شود تا در نهایت، تعادل در تمام مراحل حفظ شود.
سلطان‌علیشاه همچنین با توجّه به نیل به مراتب مذکور و یا عدم نیل به آن‌ها، انسان‌ها را به سه دسته تقسیم می‌کند: صنفى که از زمینِ طبیعت به سوى آسمانِ ارواح عروج کرده اند و شأن آن‌ها اطاعت و تسلیم به صاحب رسالت و ولایت کلّى است نه استقلال و مطاع بودن. صنفى که در زمین طبیعت توقّف کرده‌اند ولى آمادگى و استعداد عروج به عالم ارواح را دارند. اینان اگر چه در زمین طبع هستند ولى موافقت با آن‌ها موجب گمراهى و گم شدن از توجّه به عالم ارواح نمىشود. صنفى نیز در زمین طبع توقّف کرده‌اند و سر‌هایشان به طرف پایین است و متوجّه عالم شیاطین هستند و اینان بیشتر مردمان روى زمین هستند که طاعت و موافقت آنان موجب انحراف از ولایت است.