معنای دیگری که سلطان‌علیشاه برای ولایت قائل است، همان تمثّل و ظهور صورت ملکوتی امام ـ علیه‌السّلام ـ در دل فرد است. او معتقد است که این امر نیز تنها با انجام بیعت صورت می‌پذیرد. این معنی از ولایت، نتیجهٔ معنای سابق (بیعت) است و شاید به همین اعتبار، مقدمه به نام ذی‌المقدّمه نامیده شده است. سلطان‌علیشاه در این باره می‌گوید:
ولایت در عرف خاصّ استعمال می‌شود در بیعت خاصّهٔ ولویه و به واسطهٔ این بیعت، داخل می‌شود صورت ملکوتی از ولی امر در دل بایع و آن صورت داخلهٔ دل بایع چنانکه به ایمان نامیده می‌شود، به ولایت نیز نامیده می‌شود.
سلطان‌علیشاه در تألیفات خود، از ولایت‌گاه به عنوان «پیوند» نام برده و آن را به پیوند معمول در باغبانی تشبیه کرده است. او معتقد است همانطور که پیوند در درختان سبب به وجود آمدن میوه‌های مرغوب ـ حتی از درختان نامرغوب ـ می‌شود، پیوند ولایت نیز در وجود انسان، موجب از بین رفتن ثمرات تلخ وجود سالک (عقائد، اخلاق و اعمال ناپسند) و به ثمر رسیدن میوه‌های شیرین (عقائد حقه و اخلاق و اعمال پسندیده) می‌شود و در نتیجه انسان به برکت ولایت به عالیترین مراتب و درجات کمال دست می‌یابد. این پیوند، به واسطهٔ بیعت ولوی و ظهور صورت ملکوتی صاحب ولایت در دل فرد بیعت کننده ایجاد می‌شود و به تبع آن، اعمال انسان، نیک و صالح می‌شود:
بدانکه انسان، مادام که با توبه و بیعت خاصّ ولوى و قبول دعوت باطنى و پذیرش ولایت، وارد ولایت نشود (پیوند ولایت نخورد) در ذات و افعالش مانند بادام و گردو و پستهاى است که خالى از مغز است و قابل اعتناء نیست و نزد خدا قُربى ندارد و اگر در عبادت خدا بکوشد و با شب زندهدارى و روزه بودن روز‌ها در تمام طول عمر، نفس خود را به کوشش و ریاضت وادارد، خداوند او را به رو در آتش مى اندازد و آنگاه که با قبول ولایت و قبول دعوت باطنى، صاحب مغز شد، در هر حال متذکّر به ذکر خدا مى شود و در آفرینش خود تفکّر مى کند و او در چیزهاى فانى از زمین و زمینى و آسمان و آسمانى به تفکّر مى پردازد و چون نظر کند، نظرش عبرت و چون تکلّم کند کلامش حکمت و چون ساکت شود سکوتش فکر مى شود و آن به اندازهٔ مرتبهٔ ایمان است.
با توجّه به این سخن در می‌یابیم که در نگاه سلطان‌علیشاه، بدون ولایت ـ به معنای گفته شده ـ اعمال و عبادات انسان ارزشی ندارند و تنها پس از انجام این پیوند است که اعمال انسان لایق پذیرفته شدن از سوی خداوند متعال می‌شود. اهمّیت ولایت نزد سلطان‌علیشاه به حدّی است که بیشتر احکام و اعمال دین را به آن مربوط می‌داند. به عنوان مثال در ذیل آیهٔ ۴۵ سورهٔ بقره می‌گوید:
نماز حقیقی، [پذیرش] ولی امر امام [معصوم ـ علیهم السلام ـ] و ولایت اوست، و در غیر ولی امر، پذیرش ولایت اوست چنانکه زکات، بیزاری جستن از غیر ولی امر است. از این رو نماز و زکات، ستون‌های دین هستند.
او همچنین شرط صحّت نماز و سایر عبادات را ولایت می‌داند و قائل است که انسان باید قبل از عبادات به تصحیح ولایت بپردازد:
پس این نماز قالب، اگر ظهور آن لطیفهٔ ولایت باشد، نماز است والاّ نماز نیست و فائده‌ای ندارد و مقبول هم نخواهد بود… و چون آن لطیفهٔ ولایت، نمایش علی ـ علیه‌السّلام ـ است و صورت ملکوتی آن بزرگوار است فرمود: منم نماز، یعنی نماز هر نمازگزار لطیفهٔ ولایت است و آن لطیفهٔ ولایت متّحد است با من در مقام ملکوتی من و چون آن لطیفهٔ ولایت که حقیقت نماز است تا دل که محل ظهور او است از آلایش خیال و آمال ـ که نجاسات دل می‌باشند
ـ پاک نگردد بر انسان ظاهر نگردد، نماز قالب ـ که صورت نماز حقیقی است ـ تا محل او که جامه و تن و مسجد انسان است از اخباث و احداث پاک نگردد، نماز قالب صحّت نپذیرد.
سلطان‌علیشاه نماز را به علی ـ علیه‌السّلام ـ تأویل می‌کند و می‌گوید:
شگفت‌آور نیست که نماز بر علی ـ علیه‌السّلام ـ تفسیر شده، زیرا ولایت یکی از شؤون علی ـ علیه‌السّلام ـ است.
سلطان‌علیشاه علاوه بر نماز، در تأویل آیات مربوط به جهاد نیز از ولایت بهره برده است چنانکه می‌گوید:
امر به معروف و نهی از منکر که از جملهٔ عبادات است… از شعب جهاد است و بر هر کس واجب است… بعد از آنکه معروف و منکر را شناسا شود که اگر معروف و منکر را شناسا نباشد ـ چه در عالم صغیر و چه در عالم کبیر ـ می‌شود که معروف را منکر شمارد و منکر را معروف پندارد و امر به منکر و نهی از معروف نماید و پندارد که خوب می‌کند و شناختن معروف و منکر به تحقیق نخواهد شد مگر به قبول ولایت زیرا که معروف و منکرِ عالم صغیر را شناسا شدن به تحقیق نیست مگر به [سبب] بینایی به معروف وجودِ خود و منکر وجودِ خود و شناسایی معروف و منکر عالم کبیر [ممکن] نیست مگر به بینایی به معروف و منکر هر یک از اشخاص مختلفه و بینا شدن به معروف و منکر هر یک از افراد بشر می‌سّر نیست مگر برای کسی که عبودیت را به نهایت رسانیده باشد و ثانیاً عود به خلق کرده، به نظر ملکوتی خلق را نظر نماید و این کس نیست مگر صاحب نبوّت و رسالت و مگر صاحب ولایت و خلافت و دیگران ناچارند از تقلید آن‌ها در احکام خود و در احکام غیر خود که اگر بدون تقلید به خودسری برآیند و احکام خود یا غیر را برای خود استنباط کنند یا خود یا غیر را تکلیف کنند به عمل کردن، هرچه کنند بد‌تر کنند و هر چه گویند بد گویند.
سلطان‌علیشاه مفهوم اسلام و ایمان را نیز بر اساس مفهوم ولایت تفسیر می‌کند. او قائل است که اسلام و ایمان با یکدیگر تفاوت دارند بدین شرح که اسلام با قبول بیعت عمومی حاصل می‌شود در حالی که ایمان، مرحله‌ای فرا‌تر از اسلام است و فقط در صورتی به دست می‌آید که شخص، با انجام بیعت خاصّ، دعوت باطنی ولی الله و صاحب مقام ولایت را بپذیرد. مراد سلطان‌علیشاه از بیعت عمومی همان بیعتی است که افراد به هنگام مشرّف شدن به اسلام انجام می‌دادند و پس از آن ملزم به انجام عبادات و حفظ ظواهر شرعی می‌شدند ولی بیعت خاصّ ولوی یا بیعت باطنی، بیعتی است که فرد با انجام دادن آن، تسلیم بی‌چون و چرای صاحب مقام ولایت می‌شود و در این کار به دنبال اصلاح باطن و عمارت قلب و تزکیهٔ نفس و تطهیر سرّ است. مهم‌ّ‌ترین آیه‌ا‌ی که سلطان‌علیشاه برای تأیید نظر خود به آن استناد می‌جوید آیهٔ ۱۴ سورهٔ حجرات است. در این آیه، خداوند داشتن ایمان را از اعراب (بادیه نشین) نفی کرده است و آن‌ها را تنها به داشتن اسلام متّصف می‌کند. این آیه مصداق بارزی است برای اثبات این سخن که اسلام و ایمان دو امر متفاوت هستند. سلطان‌علیشاه ذیل این آیه تفاوت میان اسلام و ایمان را چنین بیان می‌کند:
ایمان که عبارت از دخول تحت احکام قلب است با بیعت خاصّ ولوى حاصل مى شود و آن جز تسلیم و انقیاد قلب نسبت به کسى که به دست او ایمان آورده چیزى نیست و به عبارت دیگر اسلام حقیقى، قبول رسالت است چنانچه اسلام ظاهرى، قبول احکام رسالت است و ایمان، قبول احکام نبوّت و ولایت است. به عبارت دیگر اسلام، قبول دعوت ظاهرى و ایمان، قبول دعوت باطنى. به عبارت دیگر اسلام، آراسته شدن ظاهر است به زیور شریعت و ایمان، کیفیت یافتن باطن به کیفیّت امام است که آن صورت نازلهٔ امام است و آن یک صورت ملکوتى است که بر قلب مؤمن داخل مى شود.
بنابراین در نگاه سلطان‌علیشاه اگر کسی بیعت عامّ نبوی را انجام دهد مسلمان است و مشمول احکام اسلام می‌شود ولی مؤمن کسی است که بیعت خاصّ ولوی را انجام داده و به عبارت دیگر ولایت ولی خدا را پذیرفته است چنانکه گفته است:
اگر [شخص] دست به دست نبی وقت داد و بیعت عامّه نمود و قبول دعوت ظاهره کرد و در تحت احکام قالبی الهی داخل شد، مُسلم خواهد بود ولی احکام ایمان و مواعید او برای این شخص نخواهد بود بلکه احکام اسلام و شرایع بر او جاری خواهد بود و اگر در زمان حیات آن نبی بمیرد، به مضمون «لایلتکم من أعمالکم شیئاً» آمرزیده خواهد رفت. یعنی چون مستعدّ پیوند ولایت بوده، در حال احتضار که ظهور نور ولایت شود و حضرت امیر ـ علیه‌السّلام ـ به نورانیت بر او ظاهر شود، پیوند ولایت به وجود او رسد و پیشرو او شود تا مقامی که باید برود و الاّ موافق اخبار بسیار، فایدهٔ قبول احکام رسالت و داخل شدن در تحت شریعت، از دنیا تجاوز نخواهد داشت [در حالی که] فایدهٔ اُخروی [منوط] بر قبول ولایت و دخول در تحت احکام قلب می‌باشد که هرگاه کسی قبول امر ولایت نکند داخل «و آخرون مرجون لأمر الله» خواهد بود که «إمّا یعذّبهم و إمّا یتوب علیهم» و موافق اخبار بسیار، کسی که اقتدا به امام عادلی نداشته باشد بر ضلالت خواهد بود و اگر با وجود قبول رسالت، قبول ولایت و قبول دعوت باطنه داشته باشد مؤمن خواهد بود و محکوم علیه بالجنّة و المغفرﺓ باشد.