از دیگر آیاتی که سلطان‌علیشاه با همین مبنا به تأویل آن‌ها پرداخته می‌توان به آیهٔ ۸۱ سورهٔ نحل، آیهٔ ۵۶ سورهٔ جمعه و آیهٔ ۵ سورهٔ مزّمّل اشاره کرد.
در آیهٔ ۱۳۲ سورهٔ طه، اهل پیامبر اسلام ـ صلّی الله علیه و آله ـ به کسانی تأویل شده است که به واسطهٔ بیعت عامّ یا خاصّ، به پیامبر اسلام ـ صلّی الله علیه و آله ـ منتسب می‌شوند. سلطان‌علیشاه در ادامه بر این نکته تأکید می‌ورزد که هر کس علاوه بر این دو بیعت، با نسبت جسمانی نیز به پیامبر اسلام ـ صلّی الله علیه و آله ـ منسوب باشد، نسبت به کسانی که این نسبت جسمانی را ندارند به اهل بیت بودن سزاوار‌تر است و سپس نتیجه می‌گیرد که علی، فاطمه، حسن و حسین ـ علیهم السّلام ـ به اهل بیت بودن سزاوار‌تر از دیگران‌اند. این سخنان بر اساس اعتقاد مفسّر به لزوم انعقاد بیعت نبوی و ولوی و در پی آن ایجاد رابطهٔ ابوّت و بنوّت میان پیامبر اسلام و امام علی ـ علیهما السّلام ـ با مؤمنان گفته شده است.
مفسّر همچنین بر اساس مبانی عرفانی خویش در اعتقاد به وجود معصوم ـ علیهم السلام ـ که انسان کامل است و توجّه به او در نماز، ذیل آیهٔ ۱۵ سورهٔ أعلی چنین گفته است: نام ربِّ مضاف خویش را بر زبانش جارى سازد… و او رسول یا جانشین رسول است. [فصلّى] و بر او صلوات بفرستد یعنى بگوید: صلوات الله علیه. یا اسم ربّ مطلق خود را به یاد آورد، اسم نقشی قلبى او را یا اسم مثالى خیالى یا اسم عینى او را و صلوات بر او فرستد یا نماز واجب را بخواند یا نماز مطلق، اعمّ از واجب و غیر واجب یا به سوى غیب توجّه کند و با این کار تکمیل شود. یا اسم پروردگارش را با تکبیراتى که قبل از نماز عیدین وارد شده به یاد آورد و نماز عیدین بخواند. یا نام پروردگارش را در تکبیر افتتاح نماز به یاد آورد و نمازش را با آن تکبیر ببندد. یا مقصود آن است که اسم پروردگارش را به یاد آورد بدینگونه که امام خود را نصب‌العین خویش قرار دهد چنانچه در هنگام تکبیرةالاحرام وارد شده: رسول خدا ـ صلّی الله علیه و آله ـ را به یاد آور و یکى از ائمّه ـ علیهم السّلام ـ را نصب‌العین خویش قرار بده.
۳. صوم (روزه)
سلطان‌علیشاه در تأویل قسمتی از آیهٔ ۱۸۵ سورهٔ بقره، روزه را به امساک از تمایلات و خواسته‌های نفس تأویل کرده و هدف از آن را باز شدن ابواب عالم غیب عنوان کرده است. تأویل مذکور برگرفته از اعتقاد مفسّر به وجود مراتب متعدّد وجود انسان است زیرا او قائل است که یکی از این مراتب، مرتبهٔ نفس است و خداوند روزه را واجب کرده است تا انسان در این مرتبه و خواسته‌های آن توقّف نکند و از آن‌ها فرا‌تر رود.
او همچنین دربارهٔ روزه قائل است که ماه رمضان، مقام ظهور نفس است چنانکه گفته است: طبق آنچه که روایت شده بیشتر کتاب‌هاى آسمانى در ماه رمضان نازل شده است زیرا ماه رمضان، ماه حبس نفس است از توجّه به نیرو‌ها و ادراکات ظاهرى و از خواستهها و آرزوهاى نفسانى و تا زمانى که نفس از توجّه به دار دنیا حبس نشود، آمادهٔ مشاهدهٔ عالم غیب و سماع از غیب نمىشود و به اعتبار تأویل، ماه رمضان عبارت از مقام ظهور نفس است با امساک از غیر خدا و توجّه به خدا و به همین دلیل ماه رمضان نامیده شده است زیرا رمضان، نام خداى تعالى است.
۴. زکات و خمس
در آیات ۶ و ۷ سورهٔ فصلت، زکات و اخراج مال به بیرون انداختن و به دور افکندن انانیت سالک تأویل شده است. آیهٔ ۳۵ سورهٔ توبه نیز از جمله آیات مربوط به زکات است. در این آیه، «کنز» به مالی تأویل شده که صاحب آن در جهنّم نفس واقع است و بر اساس هوای نفس خود به جمع مال می‌پردازد. چنین فردی حتی اگر زکات مالش را بپردازد مال او کنز (گنج) محسوب می‌شود و شرک به خدا و کفر است اما اگر فردی با توجّه به خدا به جمع مال بپردازد و تحت فرمان خدا باشد، مال او حکم کنز را نخواهد داشت.
در آیهٔ ۲۶ سورهٔ اسراء «ذا القربی» به کسانی که قرابت و نزدیکی روحانی با پیامبر اسلام ـ صلّی الله علیه و آله ـ دارند تأویل شده است. این تأویل بر مبنای اعتقاد به خویشاوندی روحانی با پیامبر اسلام ـ صلّی الله علیه و آله ـ علاوه بر خویشاوندی جسمانی است. بر این مبنا مسلمانان و مؤمنان نسبت به پیامبر اسلام و امامان شیعه ـ علیهم السّلام ـ به منزلهٔ فرزندان آن‌ها هستند. در این آیه همچنین مسکین به کسی تأویل شده است که «عجز و درماندگى، او را از کسب قوت و روزى باز داشته است و حقّ او از زکات و صدقات است یا کسى که شیطان و نفس، او را از رسیدن به امام ـ علیه‌السّلام ـ پس از رسیدن به نبىّ ـ صلّی الله علیه و آله ـ عاجز کرده است و یا کسى که پس از وصول (رسیدن) به امام ـ علیه‌السّلام ـ از سلوک الى الله باز مانده است».
۵. حجّ
در آیهٔ ۱۲۵ سورهٔ بقره و نیز در آیات ۹۷ سورهٔ آل‌عمران، ۹۷ سورهٔ مائده و ۲۵ سورهٔ حجّ، «بیت»، «البیت الحرام» و «المسجد الحرام» به قلب پیامبر یا امام ـ علیهم‌السلام ـ تأویل شده است. در ذیل آیهٔ ۳۷ سورهٔ حجّ نیز مفسّر از «محسنین» کسانی را اراده کرده که با انجام بیعت خاصّ ولوی ایمان آورده‌اند و ولایت به عنوان اصل احسان معرفی شده است. این تأویلات نیز بر اصل ولایت مبتنی هستند. سلطان‌علیشاه در آیهٔ ۲ سورهٔ مائده نیز بر همین اساس مشی کرده و ایمان را منوط به انجام بیعت با پیامبر اسلام و یا امامان شیعه ـ علیهم‌السّلام ـ و یا جانشینان آن‌ها دانسته است.
از جمله آیات دیگری که دربارهٔ حجّ است و مفسّر به تأویل آن پرداخته است آیهٔ ۱۵۸ سورهٔ بقره است که مفسّر در تأویل آن براساس اعتقاد به مراتب متعدّد وجود انسان، صفا را به آدم و مقام عقل و مروه را به حوّاء و مرتبهٔ نفس تأویل کرده است. همچنین سعی میان صفا و مروه، به تردّد و رفت و آمد انسان بین این دو مرتبه (صفای عقل انسانی و مروهٔ نفس حیوانی) تأویل شده است. دلیل چنین تأویلی این است که انسان از طریق تردّد در میان این دو مرتبه و رفع نیازهای آن‌ها می‌تواند به کمال دست یابد چنانکه گفته است: پس چنانچه صفا و مروه و سعى بین آن دو، از مناسک حجّ خانهاى است که از سنگ بنا شده، صفا و مروهٔ نفسانى و تردّد مضطربانه بین آن دو نیز به جهت اصلاح حال اهل آن دو و برآوردن حاجت آنان است.
آیهٔ دیگری که مفسّر به تأویل آن پرداخته آیهٔ ۱۹۶ سورهٔ بقره است. در این آیه اتمام حجّ صوری به ملاقات صوری با امام ـ علیه‌السّلام ـ تفسیر و اتمام حج معنوی سالک به ملاقات ملکوتی و تمثّل وجود مثالی امام ـ علیه‌السّلام ـ نزد سالک تأویل شده است. این تأویل بر مبنای مبانی مفسّر دربارهٔ امامت اعمّ از لزوم شناخت امام و پیروی از او و نیز براساس معتقدات وی دربارهٔ ذکر و آثار و نتایج آن بیان شده است.
در آیهٔ ۱۹۸ سورهٔ بقره جواز انجام معاملات و خرید و فروش در سفر حجّ به جواز التفات به معاش و امور مادی زندگی سالکان الی‌الله تأویل شده است زیرا آن‌ها هم مسافر و زائر لقای ذات اقدس حقّ و بیت‌الله حقیقی‌اند. «قضای تفث» نیز که در آیهٔ ۲۹ سورهٔ حجّ به ملاقات با امام تأویل شده است بر اساس مبانی مفسّر دربارهٔ مقام معنوی امام است. بدین معنی که هر کس در اثر صفای نفس و دوری از گناهان و تمایلات نفسانی و در اثر اشتغال به ذکر و فکر، وجود ملکی یا ملکوتی امام را ملاقات کند از تعلقات نفسانی و وابستگی‌ها (تفث) رها می‌شود.
۶. جهاد
سلطان‌علیشاه در آیهٔ ۱۹۰ سورهٔ بقره، «سبیل الله» را به ولایت و همچنین تمامی اعمال شرعی، از آن حیث که از طرف ولی خدا صادر شده است و یا از آن حیث که سبب ایصال سالک به خداوند است تأویل کرده است. او قتال در راه خدا را نیز همین گونه تأویل کرده است. از جمله آیات دیگر مربوط به جهاد، آیهٔ ۷۱ سورهٔ نساء است. سلطان‌علیشاه قائل است که اگر مراد از مؤمنان در این آیه کسانی‌اند که فقط بیعت عامّ را انجام داده باشند، در این صورت معنای ظاهری «حذر»، اسلحه و وسایل ظاهری جهاد با کافران و معنای باطنی آن تمسّک به کلام پیامبر اسلام دربارهٔ امام علی ـ علیه‌السّلام ـ و لزوم رعایت حقوق او و تعهّد به آن است. ولی اگر مراد از مؤمنان کسانی باشند که با امام علی ـ علیه‌السّلام ـ بیعت خاصّ و به دست آن حضرت توبه کرده باشند، در این صورت معنای ظاهری حذر، همان اسلحه و ادوات ظاهری جهاد با کافران و معنای باطنی آن، نماز خاصّی است که امام علی ـ علیه‌السّلام ـ به آن‌ها آموخته است. این نماز، نمازی است که از جملهٔ آثار آن، بازداشتن نمازگزار از گناهان بزرگ (فحشاء و منکر) و نیز راندن شیطان‌های جنّی و انسی از باب الله و ولایت است. معنای اخیر شاید به معنای راندن شیاطین از نزدیک شدن به سالک و وسوسه و رخنه در عقاید او بخصوص دربارهٔ معنای ولایت ـ که راه نزدیک شدن او به خداوند است باشد.
در آیهٔ ۷۵ سورهٔ نساء، «مستضعفین» به امامان شیعه تأویل شده است به این دلیل که مردم آن‌ها را ضعیف می‌دانند و یا به دلیل اینکه آن‌ها را با گرفتن اموال و حقوقشان و نیز با کشتن یاران و شیعیانشان ضعیف کرده‌اند. سلطان‌علیشاه همچنین «مستضعفین» را به شیعیانی که از نظر علمی و عقلی از پرورش و تربیت کافی برخوردار نیستند و در معرض شبهات منکران و مخالفان قرار دارند و خود توان مقابله و پاسخگویی به آن‌ها و دفاع از حقانیت مذهبشان را ندارند (ضعفای عقول شیعه) تأویل کرده است. در همان آیه مراد از «قریة» هر قریه‌ای دانسته شده که شیعیان آنجا دستشان از دامن اولیای الهی (اعمّ از امامان معصوم و یا نائبان ایشان) کوتاه است و چنین افرادی را نمی‌یابند. همچنین قریه به جایی که امام معصوم در بین منافقان امت قرار گرفته باشد اطلاق شده است. سلطان‌علیشاه در این آیه، ولی و یاور را به پیامبر اسلام ـ صلّی الله علیه و آله ـ و جانشین و خلیفهٔ او، امام علی ـ علیه‌السّلام ـ تأویل کرده است.
در آیهٔ ۹۵ همین سوره گفته شده که مراد از «قاعد» و «مجاهد»، تنها قاعد و مجاهد صوری نیست و مجاهد به کسی که با نفس امّارهٔ خود در مقام جهاد برآمده و برای رسیدن به مقام عبودیت، قدم در میدان سیر و سلوک و ریاضت‌های شرعی نهاده تأویل شده است زیرا چنین کسی در درون خود به جهاد می‌پردازد تا از حدود نفس خارج شده و به دار الاسلام برسد. در چنین فضائی قاعد نیز کسی است که از این جهاد شانه خالی کرده و همچنان در مسیر اطاعت از نفس و شیطان گام می‌‌نهد. این تأویل را می‌توان از طرفی ناشی از اعتقاد به وجود مراتب متعدّد برای انسان دانست چرا که در آن به خروج انسان از مرتبهٔ نفس و حرکت به سوی مراتب بالا‌تر نفس اشاره شده است. از طرف دیگر، از آنجا که براساس تأویل مذکور، سالک الی الله در جریان جهاد مذکور نائل به رؤیت وجود مثالی امام می‌شود، مبنای تأویل مذکور، برخی معتقدات صوفیه چون لزوم ذکر و فکر و تأثیر آن در تعالی روح و نفس سالک و فتوحات غیبی وی است.
در آیهٔ ۵۴ سورهٔ مائده نیز ـ که از آیات جهاد است ـ ارتداد، به ارتداد از کلام پیامبر اسلام ـ صلّی الله علیه و آله ـ دربارهٔ ولایت علی ـ علیه‌السّلام ـ تأویل شده است. سلطان‌علیشاه در برخی از آیات دیگر نیز، بر اساس اعتقاد به همین مبنا، کفر را به کفر به ولایت تأویل کرده است. از آن جمله در آیهٔ ۳۸ سورهٔ انفال، کفر را کفر به نبی یا ولی یا کفر به ولایت تکوینی تأویل کرده است. در آیهٔ ۷۸ سورهٔ حجّ، سلطان‌علیشاه حقِّ جهادِ لایق و درخور خداوند متعال را باقی نماندن چیزی از انانیت نفس سالک در جهاد با نفس و عبور از مراتب آن و فنای در حقّ دانسته و گفته است که چنین کسی حقّ را در خلق و خلق را در حقّ می‌ببیند و صاحب مقام جمع مطلق و ولایت کلیه است. این تأویل بر مبنای اعتقاد به وحدت وجود و همچنین وجود انسان کامل است. در این آیه، همچنین پدر بودن حضرت ابراهیم ـ علیه‌السّلام ـ به ابوّت (پدر بودن) روحانی وی نسبت به امّت تأویل شده و بر این امر تأکید شده است که نسبت پدری و فرزندی میان ابراهیم ـ علیه‌السّلام ـ با کسی حاصل خواهد شد که با او بیعت عامّ کرده باشد. سلطان‌علیشاه در ادامهٔ آیه، اعتصام بالله را به ولایت تأویل کرده است و انجام بیعت خاصّ ولوی را راه نجات حقیقی دانسته است.