علی مطهری از منتقدان جدی اعمال خشونت علیه معترضان سال ۸۸ گفته است:اگر بنا باشد هر معترضی را فتنه‌گر بنامیم یعنی ما به یک فضای بسته، اختناق و عدم آزادی اعتراض و مخالفت در جامعه قائل هستیم که هیچ‌یک از ما و نمایندگان مجلس این اعتقاد را نداریم و معتقدیم آزادی بیان در جمهوری‌اسلامی ایران وجود دارد.
وی در نطق پیش از دستور خود در رای اعتماد به وزیران نیز وقتی مخالفان تلاش می کردند که با منتسب کردن وزیران پیشنهادی به حوادث سال ۸۸ به آنان رای اعتماد ندهند، تصریح کرد که اینگونه برخورد کردن ها به معنی اختناق و عدم رعایت حق مخالف است.
مطهری نماینده مردم تهران در سخنانی در زمان بررسی کابینه روحانی در صحن علنی مجلس، گفته بود: نباید به گونه ای عمل کنیم که این گونه استنباط شود که در ایران معترض و مخالف به رسمیت شناخته نمی شود و بوی تفتیش عقاید به مشام برسد، به گونه ای سخن نگویم که گویی اختناق در کشور وجود دارد و با تکیه بر برخی عقاید رهبری آنرا آن طور که به نفع خودمان است استفاده کنیم و این گونه استنباط شود که اصل ولایت فقیه در دموکراسی در تضاد است در حالی که نظریه ولایت فقیه در حقیقت ضد استبداد و یک ایدولوژیک محسوب می شود.
وی همچنین تاکید کرده بود که پس محل بحث این نیست که کسی حق اعتراض به نتیحه انتخابات را دارد یا ندارد، محل نزاع این نیست که اگر کسی اعتراض داشت می تواند راهپیمایی آرام داشته باشد یا نه، زیرا تکلیف این مسائل را قانون اساسی ما معلوم کرده است.
فرزند آیت الله مطهری بر این باور است که در جریانات سال ۸۸ باید به نقش همه طرف های درگیر پرداخت. او به نقش احمدی نژاد و شورای نگهبان نیز در این رابطه اشاره دارد.
نماینده تهران در مجلس با اشاره به حذف نجفی از وزارت آموزش‌وپرورش به بهانه‌های کودکانه تصریح کرد: صرف این‌که کسی مخالف نامگذاری یک میدان به نام ۹ دی باشد، دلیل بر مخالفت او با حماسه ۹ دی نیست و آقای نجفی هم در این‌باره در مجلس توضیح دادند. ضمنا دلجویی از خانواده‌های آسیب دیده در حوادث سال ۸۸ نیز نقطه مثبتی است که باعث شد آن‌ها جذب ضدانقلاب نشوند. ایشان به اقتضای شغل و حضورشان در شورای شهر تهران به دیدار این افراد رفتند و معتقدم نمایندگان تهران در مجلس نیز باید این کار را انجام می‌دادند. مطهری در ادامه با ابراز امیدواری از این‌که در بررسی صلاحیت سه وزیر پیشنهادی باقیمانده افراط و تفریط صورت نگیرد، افزود: در جلسات بررسی صلاحیت وزرای پیشنهادی در موارد زیادی کارآمدی و تخصص وزرا مغفول واقع و تنها به بحث فتنه پرداخته شد. امیدوارم در بررسی صلاحیت سه وزیر باقیمانده شاهد اینگونه افراط‌ها نباشیم.
علی مطهری با اشاره به شاخص‌های حسن روحانی رییس‌جمهوری در معرفی وزرای پیشنهادی به مجلس گفت: شاخص‌های قبلی آقای روحانی، شاخص‌های خوبی بود و ایشان باید بر معیارها و ملاک‌های خود پافشاری کند. همه وزرایی که معرفی شدند، خوب و کارآمد بودند و آن سه نفری هم که نتوانستند رای اعتماد بگیرند به‌خصوص آقای نجفی وزیر پیشنهادی آموزش‌وپرورش، به دلیل کم لطفی مجلس بود.
وی با اشاره به تاکید بیش از حد نمایندگان بر فتنه اظهار داشت: به نظر من تاکید بیش از حد نمایندگان بر برائت از فتنه مردم را از یک وزیر کارآمد مانند آقای نجفی محروم کرد. در حالی‌که واقعا این افراد هیچ نقشی در فتنه نداشته و هیچ‌یک به معنای واقعی کلمه فتنه‌گر نبودند؛ اگر فردی بعد از اعلام نظر شورای نگهبان بر اعتراض و اردوکشی‌های خیابانی اصرار داشت، فتنه‌گر است اما هیچ‌کدام از این افراد را نمی‌توان فتنه‌گر نامید.
عضو کمیسیون فرهنگی مجلس با تاکید بر وجود آزادی بیان در جمهوری‌اسلامی ایران افزود: اگر بنا باشد هر معترضی را فتنه‌گر بنامیم یعنی ما به یک فضای بسته، اختناق و عدم آزادی اعتراض و مخالفت در جامعه قائل هستیم که هیچ‌یک از ما و نمایندگان مجلس این اعتقاد را نداریم و معتقدیم آزادی بیان در جمهوری‌اسلامی ایران وجود دارد.
به گزارش ایسنا، نماینده تهران به خطوط قرمز مجلس در بررسی صلاحیت وزرای پیشنهادی اشاره کرد و اظهار داشت: ناکارآمدی، عدم تجربه کافی، عدم تخصص، موارد غیراخلاقی، عدم اعتقاد به نظام جمهوری‌اسلامی و البته برائت از فتنه به معنی صحیح آن از خطوط قرمز مجلس در بررسی صلاحیت وزرای پیشنهادی است. بار دیگر تاکید می‌کنم، فتنه‌گر کسی است که بعد از اعلام نظر شورای نگهبان به اعتراض و اغتشاش خود ادامه داده است نه به آن معنایی که بعضی از نمایندگان در نظر دارند. گذشته از این مطلب، وقتی آقای روحانی وزرا را به مجلس پیشنهاد می‌کنند، اطلاعات کافی را از مراجع ذی‌ربط جویا شده‌اند و دلیلی ندارد که مجلس در این مورد وسواس به خرج دهد. پافشاری زیاد بر این مساله، نقطه ضعف است و خوشایند مردم هم نیست.
مطهری در پایان و در پاسخ به این سوال که« پس به نظر شما عدم رای اعتماد مجلس به وزرای پیشنهادی به دلیل حضور در فتنه، اشتباه بود، افزود: شاید تعبیر «اشتباه» درباره تصمیمات مجلس درست نباشد، چون ملاک، رای اکثریت نمایندگان است و هرچه باشد باید مبنای عمل واقع شود. ولی هرکسی می‌تواند این نظر اکثریت را با نظر خود بسنجد و بر درستی یا نادرستی آن حکم صادر کند. از نظر من حذف آقای نجفی یک اشتباه و به ضرر کشور بود. البته حذف آقایان میلی منفرد و سلطانی فر مورد توافق دو فراکسیون مجلس بود ولی حذف آقای نجفی ناخواسته و نتیجه تلاش‌های پشت پرده مخالفان سرسخت ایشان بود و البته بسیاری از نمایندگان نیز از شنیدن این خبر ناراحت شدند.