سرانجام بعد از دو ماه از آغاز به کار دولت دهم، حسن روحانی، رئيس جمهور ایران که در زمان کمپین انتخاباتی خود بارها بر ضرورت رعایت حقوق اقلیت‌های قومی و مذهبی سخن گفته بود، علی یونسی را به عنوان دستیار خود در امور اقوام و اقليت‌های دينی و مذهبی انتخاب کرد.
در این حکم حسن روحانی که در پایگاه اطلاع رسانی ریاست جمهوری منتشر شده، رئیس دولت خطاب به علی یونسی نوشته است: “نظر به مراتب تعهد، تخصص و تجارب ارزشمند، به موجب اين حكم شما را به عنوان دستيار ويژه رييس‌جمهور در امور اقوام و اقليت‌های دينی و مذهبی برمي‌گزينم.”
در همین بیانیه آمده است که “با عنايات الهی، در خدمت به ملت شريف ايران و نظام جمهوری اسلامی با رعايت اصول قانون‌مداری، اعتدال‌گرايی و منشور اخلاقی دولت تدبير و اميد موفق باشيد.”
علی یونسی، چهارمین وزیر اطلاعات جمهوری اسلامی است که به دنبال قتل های عده ای از روشنفکران که توسط عناصری از وزارت اطلاعات تحت سرپرستی دری نجف ابادی صورت گرفته بود و به استعفای دری نجف ِآبادی انجامید به عنوان وزیر اطلاعات دوم در دولت خاتمی برگزیده شد. دوران او از جمله کم دردسرترین دوران عمر جمهوری اسلامی برای دگراندیشان بود. چنان که در دوران جنبش سبز کسی از حضور فرزند یونسی در میان جوانان معترض و دستگیری و حبس او حیرت نکرد.
ریاست شبعه دادگاه انقلاب تهران، ریاست شعبه دوم دادگاه انقلاب ارتش، حاکم شرع دادگاههای انقلاب ارتش ازسوی شورای عالی قضایی، نماینده جانشین فرمانده کل قوا در حفاظت اطلاعات ارتش، حاکم شرع ویژه امور قضایی خانواده‌های شاهد و ریاست سازمان قضایی نیروهای مسلح کل کشور از جمله دیگر سوابق دستیار تازه منصوب شده حسن روحانی در امور اقوام و مذاهب است.
یونسی پیش از این انتصاب از اصلی‌ترین گزینه‌های حسن روحانی برای تصدی‌گری سمت وزارت اطلاعات در دولت یازدهم بود که با انتقادات بساری از سوی مخالفان روحانی روبرو شد و سرانجام از ورود به کابینه باز ماند.
او همچنین از حامیان اصلی حسن روحانی در زمان انتخابات بود.
آنزمان روزنامه “تهران امروز” وابسته به سازمان تبلیغات اسلامی که در جریان انتخابات ریاست جمهوری اخیر به حمایت از محمدباقر قالیباف پرداخت، ضمن ابراز نگرانی از احتمال انتصاب علی یونسی به عنوان وزیر اطلاعات در دولت حسن روحانی، او را به شدت مورد حمله قرار داده است. با فاش شدن نقش قالیباف در جریان سرکوب جنبش دانشجویی دیگر شکی برای هیچ کس باقی نماند که علت اصلی مخالفت گروه هایی از سپاه پاسداران و هم گروه های افراطی مانند مدیر کیهان از کجا تغذیه می شود
حسن روحانی در حالی یونسی را به عنوان معاون خود در امور اقوام و مذاهب انتخاب کرده که در دو ماه گذشته به دلیل کم توجی به وعده‌های خود برای بهبود وضعیت اقلیت‌ها مورد انتقادهای فراوانی قرار گرفته بود.
روحانی در زمان تبلیغات انتخاباتی در بیانیه‌ای ۱۰ ماده‌ای با عنوان “اقوام، ادیان و مذاهب” وعده داده بود وضعیت اقوام و اقلیت‌های مذهبی را بهبود ببخشید.
او در این بیانیه به صراحت گفته بود که به مشارکت عمومی فارغ از زبان و مذهب در مدیریت‌های کلان کشور و اجرای اصل شایسته‌سالاری در همه سطوح سیاسی-اداری اهمیت خواهد داد؛ آنهم به گونه‌ای که تمامی شهروندان و هم‌میهنان در شرایط یکسان امکان مشارکت و تصدی در کلیه سطوح تا عضویت کابینه را داشته باشند.
در بخش دیگری از این بیانیه، روحانی “تغییر نگاه امنیتی نسبت به اقوام و فرهنگ‌های ایرانی و تبدیل ساختار و روش‌های سیاسی-امنیتی به نظام مدیریت علمی و کارآمد، به‌منظور استفاده بهینه از منابع بکر و سرشار مادی و انسانی این مناطق” را مورد تائيد قرار داده بود.
در آخرین بند این بیانیه حسن روحانی وعده داده بود که “مسئوولیت برنامه‌ریزی و هماهنگی‌های لازم” در این زمینه را به یکی از معاونین رئیس جمهور واگذار خواهد کرد.
به نظر می‌رسد انتصاب جدید روحانی در راستای پایبندی به این بند از بیانیه خود در خصوص اقوام و مذاهب صورت گرفته است.
بیانیه ۱۰ ماده‌ای اقوام، ادیان و مذاهب از سوی فعالان حقوق اقلیت‌ها و برخی از نمایندگان سنی مذهب ادوار مجلس تهیه شده و به تائيد نهایی حسن روحانی رسیده بود. پس از آن نیز در نشست‌های مختلف شخصیت‌های مذهبی و سیاسی بلوچستان و کردستان با رئیس جمهور منتخب بار دیگر بر ضرورت وفاداری به آن وعده‌ها تاکید شده بود.