«يك بار از سامرا، از طريق تركيه، به مكه مشرف شدم. در بازگشت، به استانبول كه رسيدم، سيدجمال [اسدآبادي] باخبر شد و از من ملاقات خواست. وقتي كه آمد گفت: پيامي دارم براي ميرزا [ي شيرازي] كه مي‌خواهم به‌وسيله شما براي ايشان بفرستم. به ميرزا بگو: ناصرالدين‌شاه، فرد فاسدي است. او را ابتدا تكفير و سپس عزل كند. به سيد گفتم: اگر ناصرالدين‌شاه را عزل كند، چه كسي به جاي او بيايد؟ سيدجمال گفت: خود من. گفتم: با چه پشتوانه‌اي؟ گفت: به پشتوانه سلطان عبدالحميد… جريان ملاقات با سيد را به ايشان گفتم. ميرزا فرمود: شما چه جواب دادي؟ گفتم: مخالفت كردم با اين پيشنهاد. مرحوم ميرزا گفت: اگر موافقت كرده بودي، رابطه من با تو قطع مي‌شد. مي‌داني اين پيشنهاد چه مفسده‌اي دارد؟ معنايش اين است كه تنها كشور مستقل شيعه، استقلال خودش را از دست بدهد و تبعه دولت عثماني گردد. اين به مصلحت نيست.» (گفت‌وگو با آيت‌الله رضي شيرازي، نشريه حوزه [ويژه‌نامه ميرزاي بزرگ]، شماره 51-50)
اين نقل‌قول از «شيخ عبدالنبي نوري» از شاگردان ميرزا بيان شده كه گوياي نگاه اين مرجع مطلق شيعيان در آن دوره است. «ميرزاي شيرازي» گرچه با صدور فتواي منع استعمال تنباكو وارد كار سياست شد و به عنوان يك «مرجع تقليد سياسي» شهرت يافت؛ اما اصولا مانند استاد خود، شيخ انصاري تمايلي به دخالت در كارهاي سياسي نداشت، چه اينكه او خود را رئيس ملت و شاه و صدراعظم را رئيس دولت مي‌دانست. وي معتقد بود كارهاي سياسي به عهده رئيس دولت است؛ نه رئيس ملت…: از ملت جز گفتن و تحريص و تخويف و تهديد امري ديگر بر نمي‌آيد و انفاذ و اجرا با دولت است، تا دولت به تكليف لازم خود اقدام كند و درصدد بيرون آمدن از عهده آن كماينبغي مي‌باشد.» (نيازمند، سيدرضا، شيعه در تاريخ ايران، حكايت قلم نوين، زمستان 83، صص 304 و 282)
اگرچه جنبش تنباكو و فتواي مشهور ميرزا برپاكننده «قيام» شد و او در قامت يك رهبر سياسي قرار گرفت؛ اما او فقط به دنبال «خلع يد اجنبي» بود، چراكه پس از اين جريان و حل و فصل امور، نامه‌هايش به ناصرالدين شاه حال و هواي گذشته را به خود گرفت و القاب و تعارف‌هاي رسمي تكرار شد. سايه مبارزات جنبش تنباكو آنقدر وسيع بود كه ميرزا، «بزرگ مرجع تقليد» كه مكتبي بزرگ را به نام «سامرا» آفريد و اين مكتب با او رشد كرد و با مرگ او پايان يافت، زير خروارها مقالات و كتاب‌هاي تاريخي در اين عرصه گم شد و قيام تنباكو، ميرزاي بزرگ را بلعيد.
***
ميرزا دانش‌آموخته حوزه اصفهان و كربلا، در جايگاه يك مجتهد، در حال بازگشت به شيراز بود كه در «نجف» با «شيخ اعظم» – مرتضي انصاري- آشنا شد و در پاي مكتب او نشست. پس از شيخ، ميرزا با تصميم ديگر شاگردان به عنوان تنها «مرجع تقليد شيعيان» معرفي شد. اما بيش از اين، به دليل منازعات حوزوي و رقابت يكي از شاگردان شيخ – سيدحسين كوه‌كمره‌اي – با او، از «نجف» رفت و «سامرا» را برگزيد. سامرا، با حضور ميرزا «مكتب» شد؛ مكتبي كه با ديگر حوزه‌هاي علميه تفاوت‌هاي عمده داشت: «شاگردمحوري» بر «استادمحوري» در دروس حوزوي چيره و ديگر علوم، همچون عقايد، رجال، تفسير، نهج‌البلاغه و… در كنار فقه و اصول تدريس شد. درس خارج فقه و اصول ميرزا «سه ماه» در سال بود و فرعي مطرح مي‌شد و شاگردان به مباحثه با استاد مي‌پرداختند؛ به‌گونه‌اي كه گاهي 7 ساعت زمان صرف مي‌شد. در مكتب سامرا، آزادانديشي شاگردان در برابر استاد تازه بود كه سال‌ها بعد، در حاشيه حوزه نجف، برخي از آن سود جستند و به نقد روال آموزشي حوزه پرداختند.
اما آنچه داستان مكتب سامرا را تلخ مي‌كند، آن است كه اين مكتب با ميرزا آفريده شد و با مرگ او پايان يافت؛ اگرچه روزنه‌هايي از آن در نجف و كربلا ديده شد، اما كم‌فروغ بود.